获取基因组的bed、gtf注释文件

先来看一下常见的基因组注释格式

需要特别注意的是,bed的每一行记录是左闭右开区间,并且以0作为染色体的起始;而gtf的每一行记录是包括区间的两端的,并且以1作为染色体的起始。目前我接触到的几种含有位置的文件格式以及基因组浏览器中,只知道bed格式是以0开始的。

  1. 进入UCSC,在主菜单栏Tools中选择Table Brower
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  1. 按照要求输入,导出即可
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有时在一些站点下载参考基因组,也可以看到gtf, gff文件,直接下载也可以。如果大家有好的方法可以和我讨论呀,非常谢谢: )

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