仿生计算在生物信息学中的应用计算机应用技术专业论文
它的原理、特性，并提出了一种贪婪覆盖算法，通过加州大学尔湾分校(ucI)所提供
它的原理、特性，并提出了一种贪婪覆盖算法，通过加州大学尔湾分校(ucI)所提供 的机器学习数据集进行测试，验证了其有效性，并把它具体应用于蛋白质二级结构 的划分和基于基因芯片的疾病分类。
蛋白质二级结构是蛋白质分析的重要一环，是对更高级蛋白质结构进行分析 的基础研究。对蛋白质二级结构，我们对它的序列编码作了仔细的研究，比较了各 种编码方法的特点，采用了一种包含遗传信息特点的profile编码方法。在此基础上， 针对该问题的特点，用覆盖算法进行了分类的研究。
微阵列是基因分析和疾病诊断的一个重要分析工具，它具有数据量大而复杂 的特点。我们对数据的特征进行了研究，先采用t统计法，剔除其中无用的数据， 然后用覆盖算法进行分类，并与采用其它技术的分类方法对结果作了比较分析。
遗传算法是一种使用广泛，具有很强适应性的算法，尤其适应于可用序列表 示的问题的优化。而我们的研究对象蛋白质正好是由氨基酸组成的序列，我们提出 了一种具有二维变异算子和附加操作的遗传算法应用于蛋白质结构的二维HP模型 分析，根据二维HP折叠模型的特点，采用了便于保持蛋白质优良折叠结构的局部 (相对)坐标表示方法，设计了适合于此模型的变异算子，给出了求解优化结构的 方法和步骤，分析了所得结果的特点。
另一种生物启发的算法——蚁群算法，是近年来一个热门的研究领域，它在
诸如TSP(旅行商)问题、网络路由等领域已经获得了满意的结果。我们给出了使 用它来获取三维蛋白质简化模型优化结构的思路和构建方法，提出了基于矩阵的快 速坐标系统的“右手法则”转换方法，减少了计算的时间，为提高优化速度，防止 过早收敛，给出了三种局部搜索的办法；针对蛋白质折叠过程中容易出现死锁的问 题，提出了一种解决自回避无效构像的方法，并对三维折叠时的一些特有情况进行 了细致的分析，设计了能减少计算规模的一些措施。综合这些步骤，对三维HP折 叠进行了优化，取得了较好的结果，发现了能量极低的三维构像。
关键词：神经网络，覆盖算法，蚁群算法，遗传算法，蛋白质
Abstract：In
Abstract：
In recent years，simulation computation plays more and more important role in the domain of biology and medicine research The application of computer in sequence analysis is the first great in bioinformatics But in this domain,there still many unsolved problems One of the is that the speed and the efficiency of
computing is not enough to feed up with the needs ofdata processing．
With the continuous progress genome and other sequence project，the emphasis is gradually shifting from the accumulation of data to explaination to these data The new discoveries of biology will greatly depand the analysis ability of combining and
conjuncting these different multi·dimention and muki-measure data
Since the amount ofbiology data increases in a geometric series manner,for the store， the acquisition，the network communication，the processing，the data exploring and visuialisation of biology information,these will bring forward the exigent requests in theory,algorithm and software
Computer science acquires inspirations from life system Many new concepts proposed It includes the Genetic
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