第一点是启动eclipse时使用的jdk，第二点是启动eclipse后编译java文件的jdk。

1、首先eclipse启动时候自动回去找你本机的JDK，如果不想这么做，你可以在运行eclipse的时候加一个参数
eclipse.exe -vm "C:\Program Files\Java\jdk1.6.0_21\bin\javaw.exe"
最好方法是，你创建一个快捷方式，快捷方式里面的程序地址加上我给你的参数就行可以了

2、要想eclipse编译java文件也用你的jdk，你只需要在eclipse下这样操作配置就行了：
菜单->windows->preferences->Java->Installed JREs，在右边的面板里面选择你的jdk路径，然后设置为默认的即可。