生产环境中只用了这两种监控系统，下面做个对比：
Nagios：
优点：

1、可以监控很多的协议：（http,ftp,ssh,smtp,pop3,smtp,mysql）

邮件或短信通知，代理客户端可运行在很多地方
2、故障抖动检测
3、很多的插件使用

缺点：
1、基于文件的配置方式，不方便扩展，易读性差，管理耗时，监控多少服务就可能需要多少文件。
2、缺乏集成的图形尽管和cacti结合的话，也不是最佳的解决办法，接口只是独立的方式存在

3、没有综合支持SNMP或IPMI的行业标准。
4、web界面基本上是只读的

5、对于很多插件它没有相应的使用文档

Zabbix:
优点：

1、简单配置，可以自动发现服务器和网络设备。
2、集成图像
3、内置很多复杂的检查

4、拓扑图设计（v1.8 以上）
5、可以监控很多的协议：（http,ftp,ssh,smtp,pop3,smtp,mysql）
邮件或短信通知，代理客户端可运行在很多地方，可以无agent监视
监控模块化。
监控日志文件和机器重启。
自定义监控视图。
实时的SLA级别的报告，图像。

6、 zabbix分布式监控以及WEB集中管理功能
缺点：

1、安装稍稍复杂，但是客户端很方便
2、升级的话，不是很方便
3、没有故障抖动检测。
4、Web界面需要鼠标操作较多。

参考：http://workaround.org/try-zabbix