无根树转化成有根树

  在不少题目中会遇到这样一类题:无向连通图 G 有 n 个点,n-1 条边。点从 1 到 n 依次编号.......很明显是个树结构,但是不知道具体的父子关系,这时需要将一棵无根树转化成有根树,具体讲解如下:

  1.树的存储:若点数较大,需要用vector存储

vector<int> G[maxn];
void read_tree(){
       int u,v;
       scanf("%d",&N);
       for(i=1;i<=N-1;i++){
             scanf("%d%d",&u,&v);
             G[u].push_back(v);
             G[v].push_back(u);    
        }           
}

 

  2.转化:转化是由一个dfs完成的,在递归中填补fa[]

void dfs(int u,int father){//确定以u为根的树,father是u的父亲
      int d=G[u].size();
      for(int i=0;i<d;i++){
            int v=G[u][i];
            if(v!=father) //防止倒着再搜回去,进入死循环
                  dfs(v,fa[v]=u); //递归+赋值
      }
}

  3.小细节:初始化的时候令fa[root]=-1,意思是root没有父亲,调用的是dfs(root,-1)

 

  

转载于:https://www.cnblogs.com/CXCXCXC/p/4662165.html

要将基因树转换为有根树,并以进化树中的分支作为外群定根,可以使用以下代码: ```R library(ape) # 定义一个函数来将基因树转化为有根树 root_gene_tree <- function(gene_tree, outgroup_branch) { # 将进化树中的分支DCYL作为外群定根 rooted_gene_tree <- root(gene_tree, outgroup = outgroup_branch) return(rooted_gene_tree) } # 定义一个函数来批量转化基因树为有根树 batch_root_gene_trees <- function(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) { # 读取物种树 species_tree <- read.tree(species_tree_file) # 创建输出文件夹(如果不存在) dir.create(output_folder, showWarnings = FALSE) # 获取基因树文件列表 gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE) for (i in seq_along(gene_tree_files)) { gene_tree_file <- gene_tree_files[i] gene_tree <- read.tree(gene_tree_file) # 将基因树转化为有根树,并以进化树中的分支DCYL作为外群定根 rooted_gene_tree <- root_gene_tree(gene_tree, "DCYL") # 构建新的文件路径 output_file <- file.path(output_folder, paste0("rooted_", basename(gene_tree_file))) # 将有根树写入新的文件 write.tree(rooted_gene_tree, file = output_file) } } # 设置基因树文件夹路径、物种树文件路径和输出文件夹路径 gene_tree_folder <- "/path/to/gene_trees" # 替换为您的基因树文件夹路径 species_tree_file <- "/path/to/species_tree.treefile" # 替换为您的物种树文件路径 output_folder <- "/path/to/output_folder" # 替换为您希望输出的新文件夹路径 # 执行批量转化为有根树并保存到新目录下 batch_root_gene_trees(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) ``` 在以上代码中,`root_gene_tree`函数使用`root`函数将基因树转换为有根树,并以进化树中的分支`DCYL`作为外群进行定根。`batch_root_gene_trees`函数遍历基因树文件夹中的每个基因树文件,读取基因树并调用`root_gene_tree`函数进行转换。然后,将有根树保存到一个新的文件中,该文件名以"rooted_"前缀加上原始基因树文件名。 请将`gene_tree_folder`、`species_tree_file`和`output_folder`替换为您实际的文件夹路径。注意,输出文件夹路径应该是一个尚不存在的文件夹,代码中会尝试创建它。
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