前面用Excel绘制热图,在熟练的情况下,操作起来其实还是比较快速和方便的,尤其对于具有代码恐惧症的朋友。教程发出去之后,即有收到消息,希望能写一个用R语言绘制热图的教程。考虑到目前本人的时间和精力以及”生信札记”公众号其实关注的人不多,我即应下,Excel绘制热图的推文阅读量超过500,我就写一个用R语言绘制热图的。然后….确实超过500了,那么也不爽约,动手写写。
?如何写一个实用的,简单的用R语言绘制热图的教程?我想这篇推文得从零基础的角度出发,从偏颇的R语言的介绍与安装开始。
简单介绍R语言
关于R语言,真的要了解他是什么,权威的答案google即可。这里只说我个人有偏颇的观点,重点在说清楚他是什么东西。R语言,从其名字来看,其是一门编程语言,也就是语言。语言就有其语法,跟我们学的外语如英语的语法是一个概念。几乎每一门编程语言都需要编译器或与解释器,这两个器的主要作用就是,把我们按照某种编程语言如R语言的语法写出来的语句,翻译成计算机能识别的代码或并执行这些代码并返回结果。
为什么是R语言
计算机绘图或者出图,到底就是定点和描线,后者最终也是点。GUI软件更或者是Excel等出图软件的操作界面实质是对代码的封装,将看似复杂的绘图代码隐藏起来,就如我们手上的智能手机如iphone,几乎所有人都可以直接上手使用,而不需要了解到底开机关机,打开微信等的具体硬件或者编程语言或代码实现。
编程语言有很多,目前也有较多的语言是支持出图的。而目前在我所了解的生信数据出图上,最常见的就是R (语言)
Python
R语言,前身是S语言,是一门统计学家发明的语言,所以事实上其天生善于完成统计运算,内置了太多统计相关函数,如t.test()。而生物学研究,在现在每时每刻都产生大量数据的时间点上,从数据中抽取出信息,生物学研究比以往任何时候更依赖于统计(因为….数据太多,根本看不多来,正确的统计分析至少可以简化)。当然,可视化也是重点,对数据