matlab读取pdb文件,使用BioPython读取.pdb文件的整个目录

我最近的任务是在python中编写一个程序，找到距离.pdb(蛋白质数据库)蛋白质中每种金属2埃范围内的原子。这是我为它写的脚本。

from Bio.PDB import *

parser = PDBParser(PERMISSIVE=True)

def print_coordinates(list):

neighborList = list

for y in neighborList:

print " ", y.get_coord()

structure_id = '5m6n'

fileName = '5m6n.pdb'

structure = parser.get_structure(structure_id, fileName)

atomList = Selection.unfold_entities(structure, 'A')

ns = NeighborSearch(atomList)

for x in structure.get_atoms():

if x.name == 'ZN' or x.name == 'FE' or x.name == 'CU' or x.name == 'MG' or x.name == 'CA' or x.name == 'MN':

center = x.get_coord()

neighbors = ns.search(center,2.0)

neighborList = Selection.unfold_entities(neighbors, 'A')

print x.get_id(), ': ', neighborList

print_coordinates(neighborList)

else:

continue

但这仅适用于单个.pdb文件，我希望能够读取它们的整个目录。由于我直到现在才使用Java，我不完全确定如何在Python 2.7中实现这一点。我的一个想法是，我会将脚本放在try catch语句中，然后放入while循环，然后在它到达结尾时抛出异常，但这就是我将如何在Java中完成的，不知道我将如何在Python中做到这一点。所以我很乐意听到任何人可能有的想法或示例代码。