用R语言做数据清理(详细教程)

数据的清理

如同列夫托尔斯泰所说的那样:“幸福的家庭都是相似的,不幸的家庭各有各的不幸”,糟糕的恶心的数据各有各的糟糕之处,好的数据集都是相似的。一份好的,干净而整洁的数据至少包括以下几个要素:

1、每一个观测变量构成一列
2、每一个观测对象构成一行
3、每一个类型的观测单元构成一个表
就像我们最常接触的鸢尾花数据:

##   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
## 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
## 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa
## 3          4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
## 4          4.6         3.1          1.5         0.2  setosa
## 5          5.0         3.6          1.4         0.2  setosa

每一列就是观测的指标:花瓣长度,花瓣宽度,萼片长度,萼片宽度,种类;每一行就是一株鸢尾花的观测值,构成整张表的元素就是四个数值变量,一个分类分类变量。

然而出于排版的考虑我们抓下来的数据往往不是那么的友好,比如说我们可以看到的数据通常是这样的:

##   religion <10k 10k-50k 50k-100k
## 1 Agnostic   12      31       23
## 2 Buddhist   58      43       43
## 3 Catholic   79      56       23

而不是:

##   religion   income freq
## 1 Agnostic     <10k   12
## 2 Agnostic  10k-50k   58
## 3 Agnostic 50k-100k   79
## 4 Buddhist     <10k   31

当然,除了这种把列表每一列代表一些数值这种情况外,还有多个变量储存为一列(比如列表不仅以"<10k","10k-50k","50k-100k"做表头,甚至还加上性别信息"m<10k","m10k-50k","m50k-100k","f<10k","f10k-50k","f50k-100k",其中m代表男性,f代表女性),还有更过分的将列表的变量不仅储存在列中,行中也有统计变量。

面对这些不好的table,我们首先要做的就是数据管理,将数据整理为一个干净的数据集。

数据管理

按照en:DAMA的定义:“数据资源管理,致力于发展处理企业数据生命周期的适当的建构、策略、实践和程序”。这是一个高层而包含广泛的定义,而并不一定直接涉及数据管理的具体操作(如关系数据库的技术层次上的管理)。我们这里主要讲述对于数据的变量命名与数据的合并,旨在方便数据共享。

数据管理首先要做的就是大致上了解你的数据,比如有什么样的变量,每一行大致长成什么样,最常用的就是head(),tail().
我们要做的基本上就是这么几项工作:

  • 给每一个变量命名,而不是V1,V2,如果有必要可以给出code book。

  • 每个变量名最好具有可读性,除非过长,否则不要用缩写,例如AgeAtDiagnosis这个命名远好于AgeDx。

  • 通常来说,最好将数据放在一张表里面,如果因为数据过多,项目过杂,分成了几张表。那么一定需要有一列使得这些表之间能够连接起来,但尽量避免这样做。

我们以UCI的Human Activity Recognition Using Smartphones Data Set 为例来看看数据是如何变成一个基本符合要求的数据。这个数据我们已经下载下来了,其中关于数据的详细信息可以参阅read me文档,由于UCI的数据通常都是一个基本合乎规范的数据集(主要是指它的数据集的变量名都是以V1,V2来命名的)加上一个code book。那么我们看看各个数据的名称(在feature文件里)

setwd("F:/coursera/Data Science/peer assignment/get clean and tidy data/UCI HAR Dataset")name <- read.table("./features.txt", stringsAsFactors = F) head(name)
##   V1                V2
## 1  1 tBodyAcc-mean()-X
## 2  2 tBodyAcc-mean()-Y
## 3  3 tBodyAcc-mean()-Z
## 4  4  tBodyAcc-std()-X
## 5  5  tBodyAcc-std()-Y
## 6  6  tBodyAcc-std()-Z

我们可以看到各个特征的名称直接标在数据上是非常不友善的,我们为了让他具有可读性,我们以展示在我们眼前的6个数据为例:

variablename <- head(name)# 将标签中的大写字母转为小写,我们这里没有所以不再赋值,如果需要全变为大写,可以使用touppertolower(variablename$V2)
## [1] "tbodyacc-mean()-x" "tbodyacc-mean()-y" "tbodyacc-mean()-z"
## [4] "tbodyacc-std()-x"  "tbodyacc-std()-y"  "tbodyacc-std()-z"
# 将变量名分离成3部分splitNames <- strsplit(variablename$V2, "-")splitNames[[1]]
## [1] "tBodyAcc" "mean()"   "X"
# 将变量名合成有意的名称named <- function(x) {    rr <- paste(x[2], x[1], "-", x[3], sep = "") chartr("()", "of", rr) } sapply(splitNames, named)
## [1] "meanoftBodyAcc-X" "meanoftBodyAcc-Y" "meanoftBodyAcc-Z"
## [4] "stdoftBodyAcc-X"  "stdoftBodyAcc-Y"  "stdoftBodyAcc-Z"

用这样的名字给数据集命名就感觉舒服多了,我们将一些R中对字符串常用的操作函数总结如下,方便我们对数据名称的修改:

  • sub:替换字符串中的第一个模式为设定模式(pattern).

  • gsub:全局替换字符串中的相应模式

  • grep,grepl:这两个函数返回向量水平的匹配结果,grep仅返回匹配项的下标,而grepl返回所有的查询结果,并用逻辑向量表示有没有找到匹配。

  • nchar:统计字符串单字数目

  • substr:取子串

  • paste:将字符串链接起来,sep参数可以设置连接符

  • str_trim:去掉字符串空格

变量的名称建议满足如下要求:

  • 英文变量名尽可能用小写

  • 尽可能的描述清楚变量特征 (Diagnosis versus Dx)

  • 不要太复杂

  • 不要有下划线、点、空格

字符型变量应该满足:

  • 是因子类型的应该转化为factor

  • 因子尽可能具有一定的描述性 (例如:如果0/1表示真假,那么用TRUE/FALSE代替0/1;在表示性别时用Male/Female代替M/F)

接下来我们讨论数据集的合并,主要使用函数merge。
我们以下面两个数据集的合并为例:

df1 <- data.frame(id = sample(1:10), reviewer_id = sample(5:14), time_left = sample(1321:1330), x = rnorm(10))df2 <- data.frame(id = sample(1:10), answer = rep("B", 10), time_left = sample(321:330), y = rnorm(10)) head(df1, n = 3)
##   id reviewer_id time_left       x
## 1  3           9      1326 -0.9232
## 2 10           5      1322  2.5069
## 3  1          14      1330  2.2478
head(df2, n = 3)
##   id answer time_left      y
## 1  1      B       329 0.8180
## 2 10      B       327 1.4639
## 3  9      B       323 0.8141

merge函数调用格式为:

merge(x, y, by = intersect(names(x), names(y)),
      by.x = by, by.y = by, all = FALSE, all.x = all, all.y = all,
      sort = TRUE, suffixes = c(".x",".y"),
      incomparables = NULL, ...)

参数说明:

  • x,y:两个数据框

  • by, by.x, by.y:指定用于合并的列的名称。

  • all,all.x,all.y:默认的all = FALSE相当于自然连接, 或者说是内部链接. all.x = TRUE是一个左连接, all.y = TRUE是一个又连接, all = TRUE 相当于一个外部链接.

仔细观察下面3个例子你就会发现其中的奥秘:

mergedData <- merge(df1,df2,by.x="reviewer_id",by.y="id",all=TRUE) head(mergedData)
##   reviewer_id id time_left.x      x answer time_left.y       y
## 1           1 NA          NA     NA      B         329  0.8180
## 2           2 NA          NA     NA      B         330 -0.7706
## 3           3 NA          NA     NA      B         325 -0.4851
mergedData <- merge(df1,df2,by.x="id",by.y="id",all=TRUE) head(mergedData)
##   id reviewer_id time_left.x        x answer time_left.y       y
## 1  1          14        1330  2.24783      B         329  0.8180
## 2  2          12        1324  1.03181      B         330 -0.7706
## 3  3           9        1326 -0.92317      B         325 -0.4851
## 4  4           7        1321 -0.07841      B         322  0.1801
mergedData2 <- merge(df1,df2,all=TRUE) head(mergedData2)
##   id time_left reviewer_id       x answer       y
## 1  1       329          NA      NA      B  0.8180
## 2  1      1330          14  2.2478   <NA>      NA
## 3  2       330          NA      NA      B -0.7706

在plyr包中还提供了join,join_all,arrange等函数来实现表的连接,但我想merge这个函数已经足够用了,所以我们不在多说。当然,在极少数特别好的情况下(比如列的变量是一致的,或者行的观测个体是一致的时候)rbind,cbind也是有用的。

有些时候我们会遇到一些特殊的字符串:日期。R中提供了各式各样的函数来处理时间:

Sys.setlocale("LC_TIME", "C")
## [1] "C"
x <- c("1jan1960", "2jan1960", "31mar1960", "30jul1960")z <- as.Date(x, "%d%b%Y") format(z, "%a %b %d")
## [1] "Fri Jan 01" "Sat Jan 02" "Thu Mar 31" "Sat Jul 30"
weekdays(z)
## [1] "Friday"   "Saturday" "Thursday" "Saturday"
julian(z)
## [1] -3653 -3652 -3563 -3442
## attr(,"origin")
## [1] "1970-01-01"
transform(z, weekend = as.POSIXlt(z, format = "%Y/%m/%d")$wday %in% c(0, 6))
##       X_data weekend
## 1 1960-01-01   FALSE
## 2 1960-01-02    TRUE
## 3 1960-03-31   FALSE
## 4 1960-07-30    TRUE

数据操作与整合

说到数据操作,这也是一个十分宽泛的话题,在这里我们就以下4个方面进行介绍:

  • 数据的筛选,过滤:根据一些特定条件选出或者删除一些观测

  • 数据的变换:增加或者修改变量

  • 数据的汇总:分组计算数据的和或者均值

  • 数据的排序:改变观测的排列顺序

然而在进行这一切之前首先要做的就是了解你的数据,我们以世界银行的数据Millennium Development Goals为例,来一步步演示如何进行数据操作:

if (!file.exists("C:/Users/yujun/Documents/MDG_Data.csv")) {
  download.file("http://databank.worldbank.org/data/download/MDG_csv.zip","F:/MDG.zip") unzip("F:/MDG.zip") }MDstats<-read.csv("C:/Users/yujun/Documents/MDG_Data.csv")

首先先来看一部分数据:

head(MDstats)
##   Country.Name Country.Code
## 1  Afghanistan          AFG
## 2  Afghanistan          AFG
## 3  Afghanistan          AFG
tail(MDstats)
##       Country.Name Country.Code
## 33093     Zimbabwe          ZWE
## 33094     Zimbabwe          ZWE
## 33095     Zimbabwe          ZWE
## 33096     Zimbabwe          ZWE

我们显然发现了这不是一个tidy data,那么我们先将其变换为我们喜欢的tidy data,之后再看看数据摘要及数据集各单元的属性:

##   countryname countrycode
## 1 Afghanistan         AFG
## 2 Afghanistan         AFG
## 3 Afghanistan         AFG
## 4 Afghanistan         AFG
## 5 Afghanistan         AFG
## 6 Afghanistan         AFG
##                                                               indicatorname
## 1             Adolescent fertility rate (births per 1,000 women ages 15-19)
## 2                                  Agricultural support estimate (% of GDP)

我们可以看看各个数值数据的分位数:

quantile(MDstatsMelt$value,na.rm=TRUE)
##         0%        25%        50%        75%       100% 
## -9.431e+08  1.054e+01  5.060e+01  9.843e+01  7.526e+13

看看各个国家的统计数据有多少:

table(MDstatsMelt$countrycode)
## 
##  ABW  ADO  AFG  AGO  ALB  ARB  ARE  ARG  ARM  ASM  ATG  AUS  AUT  AZE  BDI 
## 3216 3216 3216 3216 3216 3216 3216 3216 3216 3216 3216 3216 3216 3216 3216 
##  BEL  BEN  BFA  BGD  BGR  BHR  BHS  BIH  BLR  BLZ  BMU  BOL  BRA  BRB  BRN 

看看缺失值:

sum(is.na(MDstatsMelt$value))  #总的缺失值
## [1] 495519
colSums(is.na(MDstatsMelt))  #每一列的缺失值
##   countryname   countrycode indicatorname indicatorcode          year 
##             0             0             0             0             0 
##         value 
##        495519
# 如果我们用回tidy前的数据集,那么这个函数会显得比较有用colSums(is.na(MDstats))
##   Country.Name   Country.Code Indicator.Name Indicator.Code          X1990 
##              0              0              0              0          23059 
##          X1991          X1992          X1993          X1994          X1995 
##          22293          21672          21753          21491          20970 
##          X1996          X1997          X1998          X1999          X2000 
##          20680          20448          20419          19933          18822 
# 等价的处理方式stat <- function(x) {
    sum(is.na(x)) } tapply(MDstatsMelt$value, MDstatsMelt$year, stat)
## X1990 X1991 X1992 X1993 X1994 X1995 X1996 X1997 X1998 X1999 X2000 X2001 
## 23059 22293 21672 21753 21491 20970 20680 20448 20419 19933 18822 19598 
## X2002 X2003 X2004 X2005 X2006 X2007 X2008 X2009 X2010 X2011 X2012 X2013 
## 19119 19478 19269 18704 19044 18641 19256 19162 18756 20360 21967 30625

统计某个国家的统计数据占总统计数目的多少

table(MDstatsMelt$countryname %in% c("China"))
## 
##  FALSE   TRUE 
## 791136   3216
prop <- table(MDstatsMelt$countryname %in% c("China"))[2]/sum(table(MDstatsMelt$countryname %in% c("China")))prop
##     TRUE 
## 0.004049

看看数据集的大小:

object.size(MDstatsMelt)
## 22301832 bytes
print(object.size(MDstatsMelt),units="Mb")
## 21.3 Mb

至此,我们可以说我们对数据有了一定的了解。另外值得一提的是,对于某些特定的数据,也许xtabs,ftable是有用的。

数据的筛选

要提取相应内容的数据,最为常用的就是提取相应元素,比如提取某个元素,提取某一行,某一列。我们通过下面下面的例子来学习:

data<-data.frame(a=sample(1:10),b=rep(c("a","b"),each=5),cdf=rnorm(10))data
##     a b     cdf
## 1   1 a  0.5755
## 2  10 a  0.8087
## 3   2 a  0.9810
## 4   7 a -0.4635
## 5   4 a  0.5094
#提取相应元素data[2,1]
## [1] 10
data[[1]][[2]]
## [1] 10
data[[c(1,2)]]
## [1] 10
data$a[2]
## [1] 10
#提取某一列data[[3]]
##  [1]  0.5755  0.8087  0.9810 -0.4635  0.5094  1.0514 -1.5338  1.0047
##  [9]  1.0004 -1.3566
data$cdf
##  [1]  0.5755  0.8087  0.9810 -0.4635  0.5094  1.0514 -1.5338  1.0047
##  [9]  1.0004 -1.3566
data$c
##  [1]  0.5755  0.8087  0.9810 -0.4635  0.5094  1.0514 -1.5338  1.0047
##  [9]  1.0004 -1.3566
data[["c"]]
## NULL
data[["c", exact = FALSE]]
##  [1]  0.5755  0.8087  0.9810 -0.4635  0.5094  1.0514 -1.5338  1.0047
##  [9]  1.0004 -1.3566

数据的筛选还有一个最为常用的的就是移除缺失值:

data<-data.frame(a=c(sample(1:5),NA,NA,sample(6:10)),b=c(rep(c("a","b"),each=5),NA,NA),cdf=rnorm(12))data
##     a    b       cdf
## 1   5    a -0.276400
## 2   1    a -1.861240
good <- complete.cases(data)data[good, ]
##    a b     cdf
## 1  5 a -0.2764
## 2  1 a -1.8612
## 3  3 a -2.0280
bad <- as.data.frame(is.na(data))data[!(bad$a|bad$b|bad$c),]
##    a b     cdf
## 1  5 a -0.2764
## 2  1 a -1.8612

数据筛选有时是为了获得符合条件的数据:

X <- data.frame("var1"=sample(1:5),"var2"=sample(6:10),"var3"=sample(11:15))X <- X[sample(1:5),]; X$var2[c(1,3)] = NAX
##   var1 var2 var3
## 2    5   NA   13
## 5    3    6   15
## 1    2   NA   12
## 3    1    8   11
## 4    4    9   14
X[(X$var1 <= 3 & X$var3 > 11),]
##   var1 var2 var3
## 5    3    6   15
## 1    2   NA   12
subset(X,(X$var1 <= 3 & X$var3 > 11))
##   var1 var2 var3
## 5    3    6   15
## 1    2   NA   12
X[(X$var1 <= 3 | X$var3 > 15),]
##   var1 var2 var3
## 5    3    6   15
## 1    2   NA   12
## 3    1    8   11
X[which(X$var1 <= 3 | X$var3 > 15),]
##   var1 var2 var3
## 5    3    6   15
## 1    2   NA   12
## 3    1    8   11

对于取子集的函数subset,在帮助文档中有一段warning是值得我们注意的:“This is a convenience function intended for use interactively. For programming it is better to use the standard subsetting functions like [, and in particular the non-standard evaluation of argument subset can have unanticipated consequences."

数据的变换

常见的数据变换函数有:

  • abs(x) 绝对值

  • sqrt(x) 开根号

  • ceiling(x) 求上线,例:ceiling(3.475) = 4

  • floor(x) 求下线,例:floor(3.475) = 3

  • round(x,digits=n) 四舍五入,例:round(3.475,digits=2) = 3.48

  • signif(x,digits=n) 四舍五入,例:signif(3.475,digits=2) = 3.5

  • cos(x), sin(x) etc.三角变换

  • log(x) 对数变换

  • log2(x), log10(x) 以2、10为底的对数变换

  • exp(x) 指数变换

除此以外,我们还经常对数据加标签,以期在回归中测量其效应。我们以MASS包的shuttle数据集为例,想知道不同类型的风(wind)是否需要使用不同的装载机(use),这里我们希望将head wind标记为1,auto use也记为1,我们可以按照如下办法设置虚拟变量:

library(MASS)
data(shuttle)
head(shuttle)
##   stability error sign wind   magn vis  use
## 1     xstab    LX   pp head  Light  no auto
## 2     xstab    LX   pp head Medium  no auto
## 3     xstab    LX   pp head Strong  no auto
## 4     xstab    LX   pp tail  Light  no auto
## 5     xstab    LX   pp tail Medium  no auto
## 6     xstab    LX   pp tail Strong  no auto
## Make our own variables just for illustrationshuttle$auto <- 1 * (shuttle$use == "auto")shuttle$headwind <- 1 * (shuttle$wind == "head") head(shuttle)
##   stability error sign wind   magn vis  use auto headwind
## 1     xstab    LX   pp head  Light  no auto    1        1
## 2     xstab    LX   pp head Medium  no auto    1        1

当然对于因子类型变量,relevel函数在线性模型的分析中也是能取得等价效果的。

有些时候,我们还常常将连续数据离散化,这时我们需要用到函数cut:

data <- rnorm(1000)
table(cut(data, breaks = quantile(data)))
## 
##  (-3.28,-0.637] (-0.637,0.0321]  (0.0321,0.672]    (0.672,3.37] 
##             249             250             250             250
library(Hmisc)
table(cut2(data, g = 4))
## 
## [-3.2847,-0.6372) [-0.6372, 0.0334) [ 0.0334, 0.6829) [ 0.6829, 3.3704] 
##               250               250               250               250
detach("package:Hmisc", unload = TRUE)

获得分组区间后,我们只需要将区间的因子重命名就成功的实现了数据的离散化。

数据的汇总

对数据进行汇总,分类汇总是我们也比较常用的,比如对行或列求和,求均值,求分位数:

data <- matrix(1:16, 4, 4)data
##      [,1] [,2] [,3] [,4]
## [1,]    1    5    9   13
## [2,]    2    6   10   14
## [3,]    3    7   11   15
## [4,]    4    8   12   16
apply(data, 2, mean)
## [1]  2.5  6.5 10.5 14.5
apply(data, 1, sum)
## [1] 28 32 36 40
apply(data, 1, quantile, probs = c(0.25, 0.75))
##     [,1] [,2] [,3] [,4]
## 25%    4    5    6    7
## 75%   10   11   12   13
apply(data, 2, quantile, probs = c(0.25, 0.75))
##     [,1] [,2]  [,3]  [,4]
## 25% 1.75 5.75  9.75 13.75
## 75% 3.25 7.25 11.25 15.25

有时候,为了更快些,我们会用一些函数替代apply:

  • rowSums = apply(x, 1, sum)

  • rowMeans = apply(x, 1, mean)

  • colSums = apply(x, 2, sum)

  • colMeans = apply(x, 2, mean)

我们有时也会处理一些列表,对列表的分类汇总我们会用到sapply,lapply,不同的是前者返回一个向量或矩阵,后者返回一个列表,例:

x <- list(a = 1:10, beta = exp(-3:3), logic = c(TRUE,FALSE,FALSE,TRUE)) lapply(x, mean)
## $a
## [1] 5.5
## 
## $beta
## [1] 4.535
## 
## $logic
## [1] 0.5
sapply(x, mean)
##     a  beta logic 
## 5.500 4.535 0.500
# median and quartiles for each list elementlapply(x, quantile, probs = 1:3/4)
## $a
##  25%  50%  75% 
## 3.25 5.50 7.75 
## 
## $beta
##    25%    50%    75% 
## 0.2516 1.0000 5.0537 
## 
## $logic
## 25% 50% 75% 
## 0.0 0.5 1.0
sapply(x, quantile)
##          a     beta logic
## 0%    1.00  0.04979   0.0
## 25%   3.25  0.25161   0.0
## 50%   5.50  1.00000   0.5
## 75%   7.75  5.05367   1.0
## 100% 10.00 20.08554   1.0

有时候我们还会进行分类汇总,如统计男女工资均值,这时你可以用tapply:

group <- (rbinom(32, n = 20, prob = 0.4))groups <- factor(rep(1:2,10)) tapply(group, groups, length) 
##  1  2 
## 10 10
tapply(group, groups, sum)
##   1   2 
## 135 122
tapply(group, groups, mean)
##    1    2 
## 13.5 12.2

数据的排序

数据的排序需要用到的函数常见的有sort和order,其中sort返回排序的结果,order返回对应数据的排名。例:

X <- data.frame("var1"=sample(1:5),"var2"=sample(6:10),"var3"=sample(11:15))X <- X[sample(1:5),]X$var2[c(1,3)] <- NAsort(X$var2,decreasing=TRUE)
## [1] 9 8 6
sort(X$var2,decreasing=TRUE,na.last=TRUE)
## [1]  9  8  6 NA NA
order(X$var2,decreasing=TRUE)
## [1] 2 5 4 1 3
order(X$var2,decreasing=TRUE,na.last=TRUE)
## [1] 2 5 4 1 3
X[order(X$var2),]
##   var1 var2 var3
## 2    1    6   13
## 5    5    8   15
## 4    4    9   11
## 1    2   NA   14
## 3    3   NA   12
#deal with the linkX$var2[c(1)] <- sample(na.omit(X$var2),1)X[order(X$var2,X$var3),]
##   var1 var2 var3
## 2    1    6   13
## 5    5    8   15
## 4    4    9   11
## 1    2    9   14
## 3    3   NA   12

有些时候,更为强大的aggregate函数是我们需要的,我们以R的内置数据集state.x77为例:

aggregate(state.x77,          list(Region = state.region,               Cold = state.x77[,"Frost"] > 130), mean)
##          Region  Cold Population Income Illiteracy Life Exp Murder HS Grad
## 1     Northeast FALSE     8802.8   4780     1.1800    71.13  5.580   52.06
## 2         South FALSE     4208.1   4012     1.7375    69.71 10.581   44.34
## 3 North Central FALSE     7233.8   4633     0.7833    70.96  8.283   53.37
## 4          West FALSE     4582.6   4550     1.2571    71.70  6.829   60.11
## 5     Northeast  TRUE     1360.5   4308     0.7750    71.44  3.650   56.35
## 6 North Central  TRUE     2372.2   4589     0.6167    72.58  2.267   55.67

当然,这里还有一个更为基本与灵活的函数,split,可以帮助你将数据分为若干张满足分类条件的表,你可以一张一张的处理它们:

library(datasets)
head(airquality)
##   Ozone Solar.R Wind Temp Month Day
## 1    41     190  7.4   67     5   1
## 2    36     118  8.0   72     5   2
## 3    12     149 12.6   74     5   3
## 4    18     313 11.5   62     5   4
## 5    NA      NA 14.3   56     5   5

转载于:https://www.cnblogs.com/payton/p/4894747.html

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