python(38):sys.argv,sys.argv.pop(),获取用户的外部输入,非指定

见下面的例子(一):

# /usr/bin/env python
# coding=utf8
import os
import requests
import sys

if __name__ == "__main__":
     print len(sys.argv)
     if len(sys.argv) != 3:
          print "Usage:%s input_one input_two\n"%__file__
          sys.exit()
     one  = sys.argv[1]
     two = sys.argv[2]
     print one,two

输入样例:

见下面的例子(二):

 相当于是个队列,pop(1) 表示 pop 掉第二个位置的数,pop(0)表示把对首的pop掉,sys.argv[0],存储的是文件的名字
# /usr/bin/env python
# coding=utf8
import os
import requests
import sys

if __name__ == "__main__":
     print len(sys.argv)
     if len(sys.argv) != 3:
          print "Usage:%s input_one input_two\n"%__file__
          sys.exit()
     mm = sys.argv.pop(0)
     m1 = sys.argv.pop(1)
     m2 = sys.argv.pop(0)
     print mm, m1,m2

 输出样例:

 

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这段代码本身是可以工作的,但还有一些地方可以进行改进。 1. 函数中使用了硬编码的文件名`new.fasta`,可以将其改为函数参数,使之更加灵活。 2. 函数中如果新ID列表文件中的ID数量小于FASTA文件中的ID数量,会以新ID列表文件中的最后一个ID替换FASTA文件中所有剩余的ID。如果新ID列表文件中的ID数量大于FASTA文件中的ID数量,会抛出一个`IndexError`异常。可以对这些情况进行处理,例如在新ID列表文件中增加或删除ID。 3. 函数中使用了`strip(None)`来删除行末的空格,可以改为`strip()`,这样代码更加简洁。 4. 函数中使用了`with`语句来打开文件,可以确保文件在使用完毕后被正确关闭,但这也会导致在函数执行期间无法对文件进行写操作。可以将文件读取到内存中,然后关闭文件,在内存中进行处理,最后再将结果写入文件。 下面是一个改进后的代码示例: ```python import sys def replace_fasta_ids(fasta_file, id_file, out_file=None): # 读取新id列表 with open(id_file, 'r') as f: new_ids = [line.strip() for line in f] # 替换fasta文件中的id new_fasta = '' with open(fasta_file, 'r') as f: for line in f: if line.startswith('>'): # 获取旧id old_id = line.strip() if len(new_ids) == 0: # 如果new_ids列表为空,则跳出循环 break # 获取新id new_id = new_ids.pop(0) # 替换id new_fasta += '>' + new_id + '\n' else: # 添加序列信息 new_fasta += line # 将替换后的fasta写入文件 if out_file is None: out_file = fasta_file with open(out_file, 'w') as f: f.write(new_fasta) return new_fasta if __name__ == '__main__': if len(sys.argv) != 3: print('Usage: python script.py fasta_file id_file') sys.exit(1) fasta_file = sys.argv[1] id_file = sys.argv[2] try: replace_fasta_ids(fasta_file, id_file) except Exception as e: print('Error:', e) sys.exit(1) ``` 这个改进后的代码增加了一个可选的`out_file`参数,用于指定输出文件名。如果未指定该参数,则默认将结果写回原始FASTA文件中。此外,当新ID列表中的ID数量小于FASTA文件中的ID数量时,会在新ID列表中循环使用ID,直到所有的ID都被替换为止。如果新ID列表中的ID数量大于FASTA文件中的ID数量,则会忽略多余的ID。
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