data.table包主要特色是：设置keys、快速分组和滚得时序的快速合并。data.table主要通过二元检索法大大提高数据操作的效率，同时它也兼容适用于data.frame的向量检索法。
require(data.table)
## Loading required package: data.table
1.创建data.table格式数据
类似于data.frame数据的创建，使用data.table函数
(DF = data.frame(x=c("b","b","b","a","a"), v=rnorm(5)))
## x v
## 1 b -0.8870
## 2 b 1.6066
## 3 b -0.1895
## 4 a 0.2375
## 5 a 1.0084
(DT = data.table(x=c("b","b","b","a","a"), v=rnorm(5)))
## x v
## 1: b -1.8458
## 2: b -0.2212
## 3: b -0.5812
## 4: a 0.2949
## 5: a 1.7858
可以看出，DF和DT的行号有一些区别，这也是data.frame和data.table主要区别。我们可以利用data.frame创建data.table：
CARS = data.table(cars)
head(CARS)
## speed dist
## 1: 4 2
## 2: 4 10
## 3: 7 4
## 4: 7 22
## 5: 8 16
## 6: 9 10
现在我们已经创建了两个data.table数据，tables命令可以显示该信息：
tables()
## NAME NROW MB COLS KEY
## [1,] CARS 50 1 speed,dist
## [2,] DT 5 1 x,v
## Total: 2MB
其中"MB"列可以快速评估内存使用，发现删除可以释放内存的表格。
如果要查看表中数据类型可以使用
sapply(DT, class)
## x v
## "character" "numeric"
2.键Keys
类似人的姓名有“姓”和“名”组成，data.table中的Keys可以由多个部分组成，Keys的组成部分可以使整数、因子、字符串或其他格式，而且data.table中的每行数据是按照Keys排序的，所以data.table数据最多只有一个Key.
DT和CARS是data.table格式，当前没有设置任何Keys，我们可以使用适用于数据框data.frame的语法：
DT[2, ]
## x v
## 1: b -0.2212
DT[DT$x=="b", ]
## x v
## 1: b -1.8458
## 2: b -0.2212
## 3: b -0.5812
由于DT没有行名称，所以下面的命令不能正常运行：
cat(try(DT["b", ], silent=TRUE))
## Error in `[.data.table`(DT, "b", ) :
## When i is a data.table (or character vector), x must be keyed (i.e. sorted, and, marked as sorted) so data.table knows which columns to join to and take advantage of x being sorted. Call setkey(x,...) first, see ?setkey.
报错信息显示，我们需要对data.table数据设置keys：
setkey(DT, x)
DT
## x v
## 1: a 0.2949
## 2: a 1.7858
## 3: b -1.8458
## 4: b -0.2212
## 5: b -0.5812
此时，DT已经按照x值进行了重新排序，如果要确认一个data.table数据是否有keys，我们可以使用haskey()、key()、attributes()或者tables()函数。
tables()
## NAME NROW MB COLS KEY
## [1,] CARS 50 1 speed,dist
## [2,] DT 5 1 x,v x
## Total: 2MB
现在，DT数据已经拥有Key:x,我们尝试列出所有x=b的数据
DT["b", ]
## x v
## 1: b -1.8458
## 2: b -0.2212
## 3: b -0.5812
使用mult可以筛选出每组数据的第一个观测值和最后一个观测值
DT["b", mult="first"]
## x v
## 1: b -1.846
DT["b", mult="last"]
## x v
## 1: b -0.5812
下面创建一个足够大的数据来说明“向量检索法”和“二元检索法”的效率差异。
#10000068行，676个分组的数据DF
grpsize = ceiling(1e7/26^2)
tt=system.time( DF <- data.frame(
x=rep(LETTERS,each=26*grpsize),
y=rep(letters,each=grpsize),
v=runif(grpsize*26^2),
stringsAsFactors=FALSE)
)
tt
## user system elapsed
## 1.56 0.05 1.60
head(DF, 3)
## x y v
## 1 A a 0.08119
## 2 A a 0.64764
## 3 A a 0.80780
tail(DF, 3)
## x y v
## 10000066 Z z 0.65856
## 10000067 Z z 0.01941
## 10000068 Z z 0.88818
dim(DF)
## [1] 10000068 3
下面我们从DF中剥离其中任意一组
#'向量检索法'
(tt=system.time(ans1 <- DF[DF$x=="R" & DF$y=="h",]))
## user system elapsed
## 2.92 0.14 3.06
head(ans1, 3);dim(ans1)
## x y v
## 6642058 R h 0.90416
## 6642059 R h 0.86002
## 6642060 R h 0.02253
## [1] 14793 3
#'二元检索法'
DT = as.data.table(DF)
system.time(setkey(DT,x,y))#一次性遍历所有元素时间
## user system elapsed
## 0.26 0.04 0.31
(ss=system.time(ans2 <- DT[J("R","h")]))#二元条件检索
## user system elapsed
## 0.01 0.00 0.01
head(ans2, 3);dim(ans2)
## x y v
## 1: R h 0.90416
## 2: R h 0.86002
## 3: R h 0.02253
## [1] 14793 3
identical(ans1$v, ans2$v)
## [1] TRUE
可以看出使用二元检索法较向量检索法，效率上要高很多。
当然，data.table也支持向量检索，但这样的话效率会低很多，我们应尽量避免这种情况。例如：
system.time(ans1 <- DT[x=="R" & y=="h",])#低效的data.table用法
## user system elapsed
## 2.41 0.08 2.49
system.time(ans2 <- DF[DF$x=="R" & DF$y=="h",])#data.frame用法
## user system elapsed
## 4.59 0.20 4.89
mapply(identical,ans1,ans2)
## x y v
## TRUE TRUE TRUE
上例中，当使用DT$x==“R"时候，就会使用”向量检索法“遍历数据的整列，y=="h"同样，最后再使用”&“合并两个条件。data.table包提供了J()函数用于数据合并，可以大大提高效率。
identical( DT[J("R","h"), ], DT[data.table("R","h"), ])
## [1] TRUE
3.快速分组
对于data.table，使用”[i, j]“进行二元检索，我们可以接"by"进行分组计算
DT[, sum(v), by=x]
## x V1
## 1: A 192333
## 2: B 192379
## 3: C 192299
## 4: D 192062
## 5: E 192653
## 6: F 192099
## 7: G 192296
## 8: H 192402
## 9: I 192396
## 10: J 192262
## 11: K 192200
## 12: L 192308
## 13: M 192475
## 14: N 192103
## 15: O 192423
## 16: P 192341
## 17: Q 192340
## 18: R 192135
## 19: S 192233
## 20: T 192492
## 21: U 192434
## 22: V 191940
## 23: W 192353
## 24: X 192466
## 25: Y 192206
## 26: Z 192385
## x V1
该种方法相当高效，下面我们将其与tapply函数进行对比
ttt=system.time(tt <- tapply(DT$v,DT$x,sum)); ttt
## user system elapsed
## 3.15 0.48 3.67
sss=system.time(ss <- DT[,sum(v),by=x]); sss
## user system elapsed
## 0.34 0.00 0.34
head(tt);head(ss)
## A B C D E F
## 192333 192379 192299 192062 192653 192099
## x V1
## 1: A 192333
## 2: B 192379
## 3: C 192299
## 4: D 192062
## 5: E 192653
## 6: F 192099
identical(as.vector(tt), ss$V1)
## [1] TRUE
下面我们按两列进行分组，比较两种方法的效率
ttt=system.time(tt <- tapply(DT$v,list(DT$x,DT$y),sum)); ttt
## user system elapsed
## 5.64 0.63 6.36
sss=system.time(ss <- DT[,sum(v),by="x,y"]); sss
## user system elapsed
## 0.35 0.00 0.34
tt[1:5,1:5]
## a b c d e
## A 7507 7417 7360 7383 7399
## B 7449 7453 7405 7374 7384
## C 7412 7388 7375 7442 7388
## D 7430 7387 7418 7338 7433
## E 7387 7464 7440 7434 7464
head(ss)
## x y V1
## 1: A a 7507
## 2: A b 7417
## 3: A c 7360
## 4: A d 7383
## 5: A e 7399
## 6: A f 7413
identical(as.vector(t(tt)), ss$V1)
## [1] TRUE
4.其他
关于data.table的更多信息参见:https://github.com/Rdatatable/data.table
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-
简介
data.table继承于data.frame。它提供了一个快速通道，让我们能更加快速的读取文件，对数据进行筛选、分组、排序、联表，而且其语法灵活、简介。由于data.table是一个data.frame所以它几乎兼容所有的函数。 -
特点
- data.table(DT)的操作语句类似于SQL，DT[i, j, by]中的i, j, by 对应着SQL语句的 i=where, j=select, by=group by。所以DT中的i, j并不是只是像data.frame只代表着行列，它更加的灵活多变。
- 符号 ” := “快速的增加或者删除列，类似SQL的update。
setkey(DT, colA, colB)，可以使得检索和分组更加快速- order,快速多重排序， 例如对DT按照x,y进行排序
DT[order(DT$x, -DT$y),]或者DT[with(DT, order(x, -y)),]
-
compare
包括使用DT使用Key后与DF的检索速度对比。
快速分组（需要设置KEY）,进行计算，和使用tapply分组计算速度
###生成数据
grpsize <- ceiling(1e7/26^2) ##10^7 rows, 676 groups DF <- data.frame(x=rep(LETTERS,each=26*grpsize), y=rep(letters,each=grpsize), v=runif(grpsize*26^2), stringsAsFactors=FALSE) head(DF,3) x y v 1 A a 0.5310106 2 A a 0.1980941 3 A a 0.8835322 DT <- as.data.table(DF) ##creat data.table setkey(DT,x,y) #s et the key ################################################## #比较检索速度，搜索x=="R",y="h" system.time(ans1 <- DF[DF$x=="R" & DF$y=="h",]) #vector scan user system elapsed 0.528 0.016 0.544 system.time(ans2 <- DT[list("R","h")]) # binary search user system elapsed 0.004 0.000 0.001 #################################################### ###快速分组,按照x分组，然后计算sum(v) #tapply system.time(tt <- tapply(DT$v,DT$x,sum)) user system elapsed 0.704 0.064 0.767 #syntax of data.table system.time(ss <- DT[,sum(v),by=x]) user system elapsed 0.080 0.000 0.078 #cheak ss and tt head(ss) x V1 1: A 192213.2 2: B 192183.3 3: C 192601.7 4: D 192308.0 5: E 192428.5 6: F 192071.0 head(tt) A B C D E F 192213.2 192183.3 192601.7 192308.0 192428.5 192071.0- 其他基本操作
联表和统计计算，更清晰认知，DT[i, j, by]中的i, j, by 对应着SQL语句的 i=where, j=select, by=group by。
###Data preparation
DT = data.table(x=rep(c("a","b","c"),each=3), y=c(1,3,6), v=1:9) ##creat data.table DT X = data.table(c("b","c"),foo=c(4,2)) ##use to join setkey(DT,x) #set the key ########################cheak the data####### DT x y v 1: a 1 1 2: a 3 2 3: a 6 3 4: b 1 4 5: b 3 5 6: b 6 6 7: c 1 7 8: c 3 8 9: c 6 9 X V1 foo 1: b 4 2: c 2 #################联表，注key1联的另一个表的第一列################# ##join类型1，联表，X中有b,c DT[X] ##join X,by the key x. x y v foo 1: b 1 4 4 2: b 3 5 4 3: b 6 6 4 4: c 1 7 2 5: c 3 8 2 6: c 6 9 2 ##join类型2，类似查询,.() 表示list,类似于联一个1行2列的表 DT[.("a",3)] x y v V2 1: a 1 1 3 2: a 3 2 3 3: a 6 3 3 #############################计算建表############# #where=DT, select=sum(v)....., group by DT$x DT[,list(MySum=sum(v), MyMin=min(v), MyMax=max(v)), by=.(x)] x MySum MyMin MyMax 1: a 6 1 3 2: b 15 4 6 3: c 24 7 9
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