在启动链路后，LCP 会将控制权交给适当的 NCP。尽管 PPP 最初是针对 IP 数据报而设计的，但通过使用模块化的实现方法，PPP 可以传输许多类型的网络层协议数据。它还可同时传输两个或更多第 3 层协议。其模块化版本允许 LCP 设置链路，然后将某个网络协议的详细信息交给特定的 NCP。每个网络协议都有一个相应的 NCP。每个 NCP 都有一个相应的 RFC。拥有 NCP 的协议有 IP、IPX、AppleTalk 和其它许多协议。NCP 使用与 LCP 相同的数据包格式。

 
在 LCP 对基础链路进行配置和身份验证之后，将会调用相应的 NCP 来配置要使用的网络层协议。在 NCP 成功配置网络层协议之后，在已建立的 LCP 链路上，网络协议将处于开启状态。此时，PPP 可以传输相应的网络层协议数据包。
 
IPCP 示例
 
举个例子说明 NCP 层的工作原理，该 NCP 层使用最常用的第 3 层协议，即 IP 协议。在 LCP 建立链路之后，路由器交换 IPCP 消息，协商特定于该协议的选项。IPCP 负责在链路的两端配置、启用和禁用 IP 模块。
 
IPCP 协商两个选项：
 
压缩 — 允许设备协商算法以压缩 TCP 和 IP 报头，并节约带宽。Van Jacobson TCP/IP 报头压缩技术可以将 TCP/IP 报头的大小降低至 3 字节。在缓慢的串行线路上，尤其是对于交互式通信，此技术可以大幅改善线路的性能。
IP 地址 — 允许发起方设备指定 PPP 链路上路由 IP 的 IP 地址，或者请求响应方的 IP 地址。拨号网络链路通常使用 IP 地址选项。
 
 
NCP 过程完成后，链路将进入开启状态并由 LCP 再次接管。链路流量可能是 LCP、NCP 和网络层协议数据包的任意组合。