Windows CE 下应用程序自动启动有两种方法两种方法：

1建立快捷方式

1) 假定Windows CE.NET目标工程目录为D:\WINCE420\PUBLIC\SJPG2440，并且工程已经Build成功，假定Windows CE.NET的应用为MyApp.exe；
2) 将应用程序MyApp.exe复制到SJPG2440工程目录
D:\WINCE420\PUBLIC\SJPG2440\RelDir\SAMSUNG_SMDK2440_ARMV4IRelease 下
3) 修改SJPG2440工程的project.bib文件，在FILES Section添加如下内容：
MyApp.exe $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.exe NK H
4) 创建快捷方式文件MyApp.lnk，文件内容如下：
10#\Windows\MyApp.exe
将MyApp.lnk文件也放入到SJPG2440工程目录
D:\WINCE420\PUBLIC\SJPG2440\RelDir\SAMSUNG_SMDK2440_ARMV4IRelease下
5) 修改SJPG2440工程的project.bib文件，在FILES Section添加如下内容：
MyApp.lnk $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.lnk NK H
6) 修改MyWinCE工程的project.dat文件，添加如下内容：
Directory("\Windows\Startup"):-File("MyApp.lnk","\Windows\MyApp.lnk")
7) 修改MyWinCE工程的platform.bib文件，在FILES Section添加如下内容：
MyApp.exe $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.exe NK H
MyApp.lnk $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.lnk NK H
8) Platform Builder IDE：【Build】->【Make Image】（记得千万不要Build或者Rebuild）
9) 成功后，得到的NK.bin（或NK.nb0）就包含了应用程序MyApp.exe和MyApp.lnk，当把相应的内核烧入开发板MyApp程序就会在系统启动时自动运行。

2 修改shell.reg文件

1) 首先新建工程，把你的应用程序放到内核里面去（前面介绍了如何做）；
2) 编译平台；
3)修改
D:\WINCE420\PUBLIC\SJPG2440\RelDir\SAMSUNG_SMDK2440_ARMV4IRelease下的shell.reg的文件：
在文件中有这样一行：
[HKEY_LOCAL_MACHINE\init]
"Launch50"="explorer.exe"
"Depend50"=hex:14,00, 1e,00
修改如下：
[HKEY_LOCAL_MACHINE\init]
"Launch40"=" MyApp.exe"
"Depend40"=hex:14,00, 1e,00
"Launch50"="explorer.exe"
"Depend50"=hex:14,00, 1e,00
4) Platform Builder IDE：【Build】->【Make Image】（记得千万不要Build或者Rebuild）
5) 成功后，得到的NK.bin（或NK.nb0）就包含了应用程序MyApp.exe和MyApp.lnk，当把相应的内核烧入开发板MyApp程序就会在系统启动时自动运行。