matlab rloess,R语言基础统计方法图文实例讲解-CSDN博客

tidyr

> tdata

> gather(tdata,key="Key",value="Value",cyl:disp,mpg)创key列和value列，cyl和disp放在一列中

-号减去不需要转换的列

> spread(gdata,key="Key",value="Value")

根据value将key打散开与unite函数对立

separate(df,col=x,into=c("A","B"))将数据框的列分割

unite(x,col="AB",A,B,sep='.')

dplyr

> dplyr::filter(iris,Sepal.Length>7)条件过滤

> dplyr::distinct(rbind(iris[1:10,],iris[1:15,]))去除重复行

> dplyr::slice(iris,10:15)切片

> dplyr::sample_n(iris,10)随机10行

> dplyr::sample_frac(iris,0.1)按比例随机选取

> dplyr::arrange(iris,Sepal.Length)排序

dplyr::arrange(iris,desc(Sepal.Length))降序

> select(starwars,height)选取

> summarise(iris,avg=mean(Sepal.Length))

统计函数

%>%链式操作符，管道 ctrl+shift+m

> iris %>% group_by(Species)

> dplyr::group_by(iris,Species)

> iris %>% group_by(Species) %>% summarise(avg=mean(Sepal.Width)) %>% arrange(avg)

> dplyr::mutate(iris,new= Sepal.Length+Petal.Length)相加总和

> dplyr::left_join(a,b,by="x1")

> dplyr::right_join(a,b,by="x1")

> dplyr::full_join(a,b,by="x1")

> dplyr::semi_join(a,b,by="x1")交集部分

> dplyr::anti_join(a,b,by="x1")补集部分

> intersect(first,second)交集

> dplyr::union_all(first,second)并集

> dplyr::union(first,second)非冗余并集

> setdiff(first,second)补集

heatmap输入矩阵

lm输入数据框

plot向量和向量-散点图，向量和因子-条形图

cbind,rbind矩阵或数据框

sum,mean,sd,range,median,sort,order向量

main 字符串不能为向量

na.rm true和false

axis side参数1到4

fig 包含四个元素向量

> plot(c(1:20),c(seq(1,89,length.out=20)),type="l",lty=1)实线

> plot(c(1:20),c(seq(1,89,length.out=20)),type="l",lty=2)虚线

数学统计

> x

> qqnorm(x)

set.seed(666) runif(50)绑定随机数

dgama(c(1:9),shape=2,rate=1)生成密度gama分布；随机数

描述性统计

summary()

fivenum()

Hmisc describe()

pastecs stat.desc() basic=T norm=T

psych describe() trim=0.1去除最低最高10%

> aggregate(Cars93[c("Min.Price","Price","Max.Price"," MPG.city")],by=list(Manufacturer=Cars93$Manufacturer),mean)字符串型返回一个统计函数

doBy > summaryBy(mpg+hp+wt~am,data=myvars,FUN = mean)

psych describe.by(myvars,list(am=mtcars$am))分组统计

describeBy(myvars,list(am=mtcars$am))详细信息

统计函数二元类元表

> table(cut(mtcars$mpg,c(seq(10,50,10))))频数统计

> prop.table(table(mtcars$cyl))频数占比

> table(Arthritis$Treatment,Arthritis$Improved)

> with(data=Arthritis,(table(Treatment,Improved)))省略数据集的名字

> xtabs(~Treatment+Improved,data=Arthritis)根据类别统计频数

> margin.table(x,1/2)总和

> addmargins(x)将总和添加到原表中

> ftable(y)评估式类元表

独立性检验

原假设：不变备择假设：变化

P值越小越能实现

> mytable

> chisq.test(mytable)卡方独立性检验

> fisher.test(mytable)精确独立检验

> mantelhaen.test(mytable)

> mytable

> mantelhaen.test(mytable)

相关性检验

> cor(state.x77) > cor(x,y)

> cov(state.x77)

偏相关

ggm

> pcor(c(1,5,2,3,6),cov(state.x77))

> cor.test(state.x77[,3],state.x77[,5])

psych

> corr.test(state.x77)

> x

> pcor.test(x,3,50)

MASS

> t.test(Prob~So,data=UScrime)

绘图函数

散点图 x、y

直方图因子

热力图数据矩阵

象限图因子、向量

> plot(women$height~women$weight)关联图

> fit

> plot(fit)

S3 par/plot/summary

> plot(as.factor(mtcars$cyl),col=c("red","yellow","blue"))

偏度是统计数据分布偏斜方向程度的度量，统计数据分布非对称程度数字特征、峰度是表征概率密度分布曲线在平均值处峰值高低的特征数

> mystats

+ if(na.omit)

+ x

+ m

+ n

+ s

+ skew

+ kurt

+ return(c(n=m,mean=m,stdev=s,skew=skew,kurtosis=kurt))

+ }

> i=1;while (i<=10){print("Hello,World");i=i+2;}

for(i in 1:10){print("Hello,World")}

> ifelse(score>60,print("PASS"),print("FAIL")

线性回归

> fit

> summary(fit)

> coefficients(fit)

> confint(fit,level=)置信区间，默认95%

> fitted(fit)拟合模型预测值

源数据-预测值=残差residuals()

> predict(fit,women1)根据结果对新数据进行预测

残差拟合图，正态分布图，大小位列图，残差影响图

plot(women$height,women$weight)

abline拟合曲线

> fit2

> lines(women$height,fitted(fit2),col="red")

将点连成线，根据拟合曲线

Pr(>|t|)估计系数为0假设的概率，小于0.05

Residual standard error残差越小越好

Multiple R-squared拟合值越大越好，解释数据量

F-statistic模型是否显著，越小越好

AIC比较回归值拟合度结果

MASS

stepAIC逐步回归法

leaps

regsubsets全子集回归法

> par(mfrow=c(2,2)) plot四幅图显示在同个画面

抽样验证法

500个数据进行回归分析，predict对剩下500个预测，比较残差值

单因素方差分析

> library(multcomp)

> attach(cholesterol)

> table(trt)

> aggregate(response,by=list(trt),FUN=mean) 分组统计平均值查看效果最好因子

> fit

> summary(fit) 看统计结果，方差结果看F值越大组间差异越显著、P值衡量F值越小越可靠

协方差

> attach(litter)

> aggregate(weight,by=list(dose),FUN=mean)

> fit

> summary(fit)

双因素方差分析

> attach(ToothGrowth)

> xtabs(~supp+dose)统计频率

> aggregate(len,by=list(supp,dose),FUN=mean)剂量越小两者差别越明显

> ToothGrowth$dose

> fit

> summary(fit)

> interaction.plot(dose,supp,len,type="b",

col=c("red","blue"),pch=c(16,18),

main = "Interaction between Dose and Supplement Type")

多元方差分析

> library(MASS)

> attach(UScereal)

> shelf

> aggregate(cbind(calories,fat,sugars),by=list(shelf),FUN=mean)

> summary.aov(fit)每组测量值不同，差异结果显著

功效分析

> pwr.f2.test(u=3,sig.level=0.05,power=0.9,f2=0.0769)假设显著性水平为0.05，在90%置信水平下至少需要184个样本

pwr.anova.test(k=2,f=0.25,sig.level=0.05,power=0.9) 2组效率为0.25显著性水平为0.05，功效水平为90，结果为86*2

> data(breslow.dat,package = "robust")

> summary(breslow.dat)

> attach(breslow.dat)

fit

逻辑回归

> data(Affairs,package="AER")

> summary(Affairs)

> table(Affairs$affairs)

> prop.table(table(Affairs$affairs))

> prop.table(table(Affairs$gender))

> Affairs$ynaffair[Affairs$affairs>0]

> Affairs$ynaffair[Affairs$affairs==0]

> Affairs$ynaffair

> table(Affairs$ynaffair)

> attach(Affairs )

> fit

> summary(fit)

> fit1

> summary(fit1)

> anova(fit,fit1,test="Chisq")

主成分分析

> library(psych)

> fa.parallel(USJudgeRatings,fa="pc",n.iter=100)直线与X符号生成值大于一和100次模拟的平行分析

CPU

> pc

因子分析

> library(psych)

> options(digits=2)

> covariances

> correlations

> fa.parallel(correlations,fa="both",n.obs=112,n.iter=100)

> fa.varimax

> fa.promax

factor.plot(fa.promax,labels=rownames(fa.promax$loadings))

fa.diagram(fa.varimax,simple=FALSE)

fa$weight

library(arules)

data(Groceries)

> fit

> inspect(fit)

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时间： 2021-03-14