linux系统译码r安装,Linux mint 19 安装r和Rstudio，ubuntu/debian系统可以借鉴

参考资料，对原作者表示感谢！

Ubuntu18.04桌面版安装Qt5.12.1

编译安装R的问题记录，写的很详细。mark一下

转录组入门(1)：软件准备

Fedora的界面UI确实好用，就我看来，把窗口键改成原来 Alt + Tab 的创举着实可以让人提高工作效率。奈何地沟油就是地沟油，这东西linux之父能玩的转，但对于一些只是希望用linux办公的新人而言可就没那么简单了：装个软件各种报错，错误代码犹如天书般让人捉摸不透，网上一查才知道只是简单的因为缺少了某某依赖包；源码安装又太浪费时间，也绕不开一大堆的依赖性问题。折腾了整整两天，不禁泪流满面，仰天长叹曰：

“你是来帮我提高效率的还是来添麻烦的？”

毕竟我们又不是内行，问题出在哪都看不懂，怎么给你解决嘛。最要命的是使用一些小众软件办公的，网上连教程都找不到，换系统的心都有了。

嘿嘿于是，在反复尝试在fedora中安装Rstudio后，决定转战ubuntu阵营了。linux mint对新手是真的友好，起码安装驱动这一关就不用你太操心。虽然安装的时候还是有依赖性问题，但不至于无法解决。

好，开始正题。

安装R

1.1 apt 安装

极其不推荐新手使用源码包进行安装，如果你不是搞开发的，请老实的使用apt工具，毕竟你追求的是效率，不是稳定性。

为apt命令添加源

打开终端

sudo gedit /etc/apt/sources.list

加入

deb http://源镜像/bin/linux/ubuntu的代号名称/

例如:

deb http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu raring/

说一下为什么要选择 bionic-cran35

这里的bionic-cran35其实就是ubuntu 18的代号名称，可以使用

lsb_release -a查看，因为linuxmint19是基于ubuntu18，所以用了这个

查看版本代号的方法，可以参考我的另一篇文章 https://www.jianshu.com/p/b14e96e60724

接着终端输入获取公钥

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

最后，终端输入

sudo apt-get update

sudo apt-get install r-base

结束！

1.2 编译安装R

好吧， 果然，有时候flag不能立的太早。否则就容易啪啪打脸呀！Apt安装的r，确实有着方便快捷的好处，但是从镜像源选择默认安装的版本一般都是最新版。所以在你安装的时候请尝试使用这条命令。

可是我当时就没有想到这个问题。安装了最新版的啊。有许多。常用的包根本就不能使用。比如de pillar。比如，积极plot to。

但是我也没有想到用上面这条命令的方式，于是走了一个。最极端的路线。选择变眼妆。既然都用了，就在这儿记录一下这个方式吧。

其实最关键的问题还是官方没有给出二所需要的依赖。如果他能把二所需要的依赖列一个表格，然后放在install文件里，这样我们就可以免去很多安装报错的麻烦。嗯，内容大致就来自于这其实也没有什么别的放东西。

安装Rstudio

1. 安装依赖包

这是 github 上最新版 rstudio 对依赖包及其版本的最低要求，我并没有选择编译安装 rstudio，所以并没有安装 cmake，想想boost可能也用不到，不过误打误撞装上了，嫌麻烦也就不再卸载了

R 3.0.1

CMake 3.4.3 or newer

Boost 1.69

Qt 5.12.1 [Required only for Desktop]

patchelf 0.9 [Required only for Desktop]

1.1 Qt 5.12.1 的安装

官方下载地址 http://download.qt.io/archive/qt/

选择下载qt-opensourece-linux-x64-5.12.1.run

打开终端，cd到文件所在目录

给软件权限

sudo chmod 755 qt-opensource-linux-x64-5.12.1.run

安装

sudo ./qt-opensource-linux-x64-5.12.1.run

说两点：

Rstudio 对Qt的推荐安装位置是 /opt/RStudio-QtSDK，可以在之后的图形界面进行修改。

我们安装时只需要勾选tools 和 Desktop 两项即可。

1.2 boost 安装

1.3 patchelf 0.9安装

去官网下载 patchelf 0.9 的deb包，进入下载路径运行

sudo dpkg -i patchelf_0.9-1_amd64.deb

我记得没有什么依赖，有的话提示什么就用apt命令安装，很顺利就完成了

2 下载安装Rstudio

安装

sudo dpkg -i rstudio-1.2.1335-amd64.deb

3 运行

运行时要使用 su 命令切换到root用户，否则报错

$ rstudio

"Uncaught TypeError: Cannot read property 'notifyRCrashed' of undefined"

root 用户不能直接输入rstudio 打开，否则报错

# rstudio

[9422:9422:0819/142114.216655:ERROR:zygote_host_impl_linux.cc(89)] Running as root without --no-sandbox is not supported. See https://crbug.com/638180.

正确打开方式,root 用户输入

rstudio --no-sandbox

4 后续使用的问题记录

4.1 重新安装R之后rstudio提示

ERROR Unable to find an installation of R on the system (which R didn't return valid output);

将安装目录下的 /bin/R 在 /usr/bin/ 下创建一个软链接

I actually got it fixed by adding a soft link to the R installation:

$ ln -s /opt/vertica/R/bin/R /usr/bin/R

I didn't think this will work but it did.

Now I am having another problem with displaying figures in RStudio server. I'll open a new question for that one.

4.2 重新安装R之后rstudio提示

ERROR Unable to find libR.so in expected locations within R Home directory /usr/local/lib64/R

找不到 libR .so ;分两种情况

系统中存在/usr/lib/R/lib/libR.so文件

直接把/usr/lib/R/lib/libR.so软连接到/usr/local/lib/R/lib/libR.so，这样在rstudio运行时就找到了libR.so了。

系统中不存在/usr/lib/R/lib/libR.so文件

编译时未添加--enable-R-shlib导致，重新编译R(人家在官网INSTALL文件写的很清楚，以后要多仔细看看INSTALL文件，减少很多弯路)。

./configure --enable-R-shlib

4.3 安装'sf'包提示

Error: gdal-config not found

The gdal-config script distributed with GDAL could not be found

终端下安装缺少的 libgdal-dev 函式库

apt install libgdal-dev