gaussian09使用教程linux,Gaussian 09 &GaussView5.0使用教程.ppt

Gaussian09&GaussView5.0使用教程.ppt

坐标工具栏【Coordinates】 原子列表编辑器【Edit】→【Atom List】 连接关系编辑器 【Edit】→【Connection】 冗余坐标编辑器 【Edit】→【Redundant Coordinates】 点群对称性 【Edit】→【Point group】 有对称性的分子，在计算中使用对称性能极大的提升计算速度。 练习 从头构建二茂铁分子，并将分子对称化到D5d。推荐步骤如下： 搭建茂环(D5h C5H5) 将搭建好的茂环append一份到窗口中，然后将两个茂环放置为堆积状态，调整环间距离约3.3埃 旋转其中一个环，使两个茂环处于交叉构象，并使用点群对称化。 用在质心加入原子的方法加入铁原子并对称化。 调整键长到标准距离并定义联接关系。 目标键长 RC-C=1.44 RC-H=1.07 RC-Fe=2.10 GV_Exercise_3_OK.gjf 分子轨道编辑器 【Edit】→【MOs】 要查看分子轨道图形需要打开chk或者fchk文件 一些注意事项 连接编辑器 使用鼠标也可对原子进行重排，其操作以参考原子为基础进行: ①左键点击。指定点击原子为参考原子。 ②右键点击。点击原子与参考原子交换原子标签，该原子成为新的参考原子。 冗余坐标编辑器 用于创建和编辑冗余坐标,冗余坐标常用于Gaussian 优化或势能面扫描中。 分子轨道编辑器 注意需从检查点文件中读入文件。 计算工具栏【Calculate】 ◆创建 Gaussian 作业 【Calculate】→【Gaussian Calculation Setup】 【Job Type】选项卡 【Method】选项卡 【Title】选项卡 【Link 0】选项卡 【General】 和【Guess】 NBO、Solvation和PBC 7. 【NBO】面板 8. 【Solvation】面板 9. 【PBC】面板 为计算设置默认值 【File】→【Preferences】→【Gaussian Setup】 在 Gaussian Calculation Setup 对话框的底部可以看到已有的计算方案。 点击【Calculate】→【Gaussian Calculation Scheme】,可弹出 Gaussian Calculation Schemes 窗口，从中选择要使用的计算方案，并应用到当前分子中。 对于新分子，初始将采用 Default 方案。但可以在如下对话框中查看或修改各种已有方案的属性。 底部按钮说明 【Submit】使用当前输人文件运行 Gaussian 计算。 【Quick Launch】直接运行Gaussian 作业。 【Cancel】关闭对话框返回所有选项为默认值。 【Edit】使用外部文本编辑器直接编辑输入文件，未保存之前，是不可直接编辑的。 【Retain】关闭对话框，但输入文件不会被创建或更新，也不会提交 Gaussian 作业。 【Defaults】恢复所有的选项为默认值。 【Help】提供对话框的在线帮助。 快速运行作业 传统方法 点【Calculate】→【Gaussian Calculation Setup】，然后在其中修改其作业选项，完成后点击【Submit】按钮，并为要保存的输入文件指定文件名和文件位置。 快速运行作业 点击【Calculate】→【Gaussian Quick Launch】，或在工具栏的图标(Quick Launch)上点击右边的下拉菜单，引出含有【Temp File】(从临时输入文件提交计算 作业)、【Save File】(保存输入文件后提交计算作业)以及【Save and Edit File】(保存并编辑后提交计算作业)三项的子菜单。 本机需要安装有Gaussian09软件 观察和控制计算 【Calculate】→【Current Jobs】 该窗口显示了当前正在运行的由 GaussView 启动的所有计算作业(只有本次 GaussView 启动以后的作业才会显示)。 这里显示的作业包括由 Gaussian 对话框提交的 Gaussian 作业、 GaussView 提交的输入文件编辑的 Gaussian 作业以及为创建和显示表面而运行的 Cubegen 这类 GaussianUtilities 作业。 查看 Gaussian 结果 显示结果数据摘要 【Results】→【Summary】 点击 【Results】→【View File】，或在上述对话框中点击【View File】按钮，可打开该计算作业的日志文件(*. log) 显示原子电荷 【Results】→【