欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA、GEO, SEER数据挖掘。
分享文献精读,2015年发表在JAMA杂志上的原创论著,影响因子50+。
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摘要
目标明确,没有废话,没有拖泥带水。重要性,目的,设计,研究队列,随访时间。数据来源于 SEER数据库,2004-2011年的数据,研究了早期乳腺癌,种族,分型,肿瘤大小。
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回答的问题是哪些人更容易诊断stage I, 在small sized的种族上的生存差异。
方法学怎么写
我们里看作者是怎么写方法学部分的,首先报告数据来源,经过伦理委员会同意,SEER数据申请许可。
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报告数据选择,筛选了哪些变量进入分析:
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关键状态的设定报告:
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统计分析部分怎么写
统计分析这部分非常值得大家学习,学习一些专用的表达,
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对于描述性分析,
• Descriptive statisticswere used to examine the following baseline characteristics of xx cases: xxx
variables(描述了哪些变量的基线数据)
• For some subgroup analyses, we selected women whose xxcancer were xxx
卡方检验用于描述亚组的频数分布
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多因素logistic回归分析
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• we performed multivariable logistic regression to estimate the ORs, adjusted for xx variables in the analysis.
• To assess xx, we determined xx according to xx
多因素Cox回归
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• 交代 breast cancer-specific survival如何定义
• We performed a Cox proportional hazards regression analysis to examine the association of xx , xx, xx, and xx with the hazard ratio (HR) of death in patients with xx.
• We performed bivariable (unadjusted) and multivariable (adjusted) analyses
log-rank test
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• The difference in survival across strata was compared with the log-rank test.
• A P value of .05 or lesswas considered statistically significant.
• All P valueswere 2-tailed.
• All statistical analyses were performed using xx software version xx
结果部分
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首先是汇报 Descriptive Statistics, The demographic and clinical characteristics of the study population according to xx group appear in Table 1. 按照 xx group分组呈现基线数据。
Logistic回归
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这里作者只展示了部分变量,为什么没有PR, HER2, stage变量呢?我看了一下好像作者也没说为什么?
只说了根据不同的年龄分组的结果放在补充文件当中
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small-sized 病人出现转移研究
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展示分布情况,一个描述性的展示。
多因素Cox生存分析
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值得注意的是这里作者对种族的分类用了两个model。
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肿瘤直径<2cm肿瘤特异生存时间的Cox
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Discussion
讨论部分一直都是我所喜欢的部分,
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• The goal of xx is to xx, it is important to xx, We found that (告诉大家我们发现了什么)……
![ee4ba897d770d54b01ba70a74b03fcae.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/b5e5c8c33f6e3b979ecf469cc2dc5cad.jpeg)
![7cbee46e221bb04d427365e815e232d6.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/27b14057619c2b2bcab9685c87a20616.jpeg)
![e37177c0502d2169b2d56d3e1835434a.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/fe1473e7e7b6ae42727ef1fac1839097.jpeg)
总结思考
• 选题,贴近临床,对临床意义(乳腺癌的早期诊断),生存
• 文章方法学,统计方法上并没有什么特别之处(大家都能做),重在思考,idea的设计上。为什么人家能发在影响因子50+的顶级期刊上,我们却经常看到2-3分的文章? 这也是很值得我们深思的问题。
• 文章总体设计回顾
– 研究对象早期乳腺癌(stage1)
– 重点研究种族,年龄,Tumor size
– Logistic分析比较风险,Cox分析比较生存风险
这次的临床研究文献精读就到这里,希望在我自己学习的同时,也对大家有帮助,我是老朋友白介素2,下期再见。
参考文献
Differences in Breast Cancer Stage at Diagnosis and Cancer- Specific Survival by Race and Ethnicity in the United States