seer文献_SEER文献精读|从顶级期刊JAMA学习的点点滴滴

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欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA、GEO, SEER数据挖掘。



分享文献精读,2015年发表在JAMA杂志上的原创论著,影响因子50+。

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摘要

目标明确,没有废话,没有拖泥带水。重要性,目的,设计,研究队列,随访时间。数据来源于 SEER数据库,2004-2011年的数据,研究了早期乳腺癌,种族,分型,肿瘤大小。

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回答的问题是哪些人更容易诊断stage I, 在small sized的种族上的生存差异。

方法学怎么写

我们里看作者是怎么写方法学部分的,首先报告数据来源,经过伦理委员会同意,SEER数据申请许可。

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报告数据选择,筛选了哪些变量进入分析:
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关键状态的设定报告:
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统计分析部分怎么写

统计分析这部分非常值得大家学习,学习一些专用的表达,

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对于描述性分析,
•    Descriptive statisticswere used to examine the following baseline characteristics of xx cases: xxx
    variables(描述了哪些变量的基线数据)
•    For some subgroup analyses, we selected women whose xxcancer were xxx
卡方检验用于描述亚组的频数分布
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多因素logistic回归分析
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•    we performed multivariable logistic regression to estimate the ORs, adjusted for xx variables in the analysis.
•    To assess xx, we determined xx according to xx
多因素Cox回归
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•    交代 breast cancer-specific survival如何定义
•    We performed a Cox proportional hazards regression analysis to examine the association of xx , xx, xx, and xx with the hazard ratio (HR) of death in patients with xx.
•    We performed bivariable (unadjusted) and multivariable (adjusted) analyses
log-rank test
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•    The difference in survival across strata was compared with the log-rank test.
•    A P value of .05 or lesswas considered statistically significant.
•    All P valueswere 2-tailed.
•    All statistical analyses were performed using xx software version xx

结果部分

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首先是汇报 Descriptive StatisticsThe demographic and clinical characteristics of the study population according to xx group appear in Table 1. 按照 xx group分组呈现基线数据。
Logistic回归
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这里作者只展示了部分变量,为什么没有PR, HER2, stage变量呢?我看了一下好像作者也没说为什么?
只说了根据不同的年龄分组的结果放在补充文件当中
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small-sized 病人出现转移研究

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展示分布情况,一个描述性的展示。

多因素Cox生存分析

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值得注意的是这里作者对种族的分类用了两个model。
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肿瘤直径<2cm肿瘤特异生存时间的Cox

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Discussion

讨论部分一直都是我所喜欢的部分,

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•    The goal of xx is to xx, it is important to xx, We found that (告诉大家我们发现了什么)……
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总结思考

• 选题,贴近临床,对临床意义(乳腺癌的早期诊断),生存

• 文章方法学,统计方法上并没有什么特别之处(大家都能做),重在思考,idea的设计上。为什么人家能发在影响因子50+的顶级期刊上,我们却经常看到2-3分的文章? 这也是很值得我们深思的问题。

• 文章总体设计回顾

– 研究对象早期乳腺癌(stage1)

重点研究种族,年龄,Tumor size

– Logistic分析比较风险,Cox分析比较生存风险

这次的临床研究文献精读就到这里,希望在我自己学习的同时,也对大家有帮助,我是老朋友白介素2,下期再见。

参考文献

Differences in Breast Cancer Stage at Diagnosis and Cancer- Specific Survival by Race and Ethnicity in the United States

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