计算机软件应用的介绍,[计算机软件及应用]第一章 软件介绍.pdf

[计算机软件及应用]第一章 软件介绍

计算机分子模拟与计算方法

计算机分子模拟与计算方法

上海师范大学

生命与环境科学学院

孙传文 博士

孙传文 博士

本课程 必要的知识准备

本课程 必要的知识准备

因本课程的课时有限，需要以下的知识准备：

因本课程的课时有限，需要以下的知识准备：

1. 在化学量化计算方面的基础(eg. 量子化学) ；

1. 在化学量化计算方面的基础(eg. 量子化学) ；

2. 分子(晶体)结构显示;(如Chemoffice 09 )

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3. 对体系能量优化的认识

3. 对体系能量优化的认识

4. 药效团、构效关系的认识

4. 药效团、构效关系的认识

请各位同学预习和补充欠缺的知识。

请各位同学预习和补充欠缺的知识。

本次课程 提纲

本次课程 提纲

第一章 概论化学量化计算原理和基础

第一章 概论化学量化计算原理和基础

第二章 量子化学综合计算软件Gaussian

第二章 量子化学综合计算软件Gaussian

第一章 概论

第一章 概论

化学量化计算原理和基础

化学量化计算原理和基础

第一节 计算原理和基础

第一节 计算原理和基础

计算化学有两种方法:

计算化学有两种方法:

(1) 分子力学方法; (2) 电子结构理论

(1) 分子力学方法; (2) 电子结构理论

它们能完成的任务类型基本上是一样的。

它们能完成的任务类型基本上是一样的。

A. 计算特定分子结构的能量。和能量相关的一些性质也

A. 计算特定分子结构的能量。和能量相关的一些性质也

可以通过某些方法来计算。

可以通过某些方法来计算。

B. 完成构型优化，确定全局或局域最小点。构型优化主

B. 完成构型优化，确定全局或局域最小点。构型优化主

要取决于能量的梯度 (即能量对原子坐标的一阶导)

要取决于能量的梯度 (即能量对原子坐标的一阶导)

1.1 概述计算化学的研究对象

1.1 概述计算化学的研究对象

构型优化是化学计算的基础

构型优化是化学计算的基础

任何性质的计算都是在已优化好的分子结构上进行的。一

任何性质的计算都是在已优化好的分子结构上进行的。一

个分子结构对应一个波函，一个波函就可以解出一个能量

个分子结构对应一个波函，一个波函就可以解出一个能量

值。

值。

在自然条件下，体系倾向于以能量最低的形式存

在自然条件下，体系倾向于以能量最低的形式存

在 (也就是我们常说的最稳定的构型)。

在 (也就是我们常说的最稳定的构型)。

(重点：所有计算的基础和依据！！)

(重点：所有计算的基础和依据！！)

1．1 概述

1．1 概述

为什么先要进行能量优化

为什么先要进行能量优化

所给的分子结构(不管是手绘的还是来自晶体结

所给的分子结构(不管是手绘的还是来自晶体结

构的)在转换为输入文件时，由于构象的不准确

构的)在转换为输入文件时，由于构象的不准确

和具体化学环境的变化，需修正。

和具体化学环境的变化，需修正。

在不选择溶剂时，默认是在气相中优化，这与晶

在不选择溶剂时，默认是在气相中优化，这与晶

体环境是完全不同，因此存在一些不合理的地

体环境是完全不同，因此存在一些不合理的地

方。

方。

先要进行优化，才能进行其他类型的性质计算。

先要进行优化，才能进行其他类型的性质计算。