atomeye是一款小巧的、功能强大的可视化软件,由 李巨 开发(据说是其博士期间苦于没有很好的可视化软件而开发的)。
1. atomeye的优势可以轻松可视化原子数在百万级的体系(目前,我还没有发现其他的可视化软件能够做到如此);
程序小巧,仅仅4M;
无需编译,直接运行(这个可能未必算优点);
可以远程在终端下打开;
功能强大,渲染效果很不错;
免费。
2. atomeye支持的文件格式
atomeye目前只支持两种文件格式:CFG格式(包括标准CFG和扩展CFG格式)和PDB格式。
对CFG格式的支持更加完美,所以建议使用CFG格式。
3. atomeye下载
4. atomeye使用
下载到的atomeye文件名为 A.i686,我一般会把文件名改为 atomeye,更直观:然后赋予atomeye可执行属性。$ mv A.i686 atomeye
$ chmod +x atomeye
另外,建议将atomeye添加到系统路径,这样就可以在任意目录下均可以直接使用atomeye命令调用。
假如你当前的系统是linux系统(而不单单是一个linux终端),你的atomeye装在远程的主机上,那么你只需要使用 -Y 参数连接ssh,那么你可以实现在终端上运行atomeye。$ ssh -Y servername
$ atomeye DNA.cfg
atomeye会打开如下图所示:
5. atomeye常用命令
atomeye的功能很强大,这里只列举部分常用功能。快捷键
功能描述
F10
重新加载当前文件
B
切换是否显示键
D
改变背景颜色
F
根据原子ID查找并显示原子信息
I
调整模拟盒子边框显示模式
J
jpg格式截图
K
根据原子坐标关系对原子上色
L
切换到正常的原子颜色
O
切换到最初的原子颜色(对个别原子改变颜色后)
P
png格式截图
Q
退出窗口
U
将视图放正
Y
自动连续产生图片
,
显示过去单击的两个原子间的距离
TAB
一般视图与透视图切换
Insert/Delete
显示下一个文件
Home/End
增加/减少键半径
Pageup/PageDown
增加/减少原子半径
Right/Left/Up/Down
绕轴旋转
Ctrl+Insert/Delete
显示第一个/最后一个文件
Ctrl+Left-click
改变选中一个原子/键的颜色/半径
Ctrl+Shift+Left-click
改变选中一类原子/键的颜色/半径
Ctrl+Right/Left/Up/Down
平面内移动视图
Ctrl+Shift+Up/Down
放大/缩小视图
Shift+Up/Down
平面内顺时针/逆时针旋转视图
Shift+Left/Right
向前/向后推进截平面
Shift+[0-9,a-f]
创建截平面
Shift+CapsLockOn+[0-9,a-f]
删除截平面
CapsLockon+Right/Left/Up/Down
在周期性边界条件下移动对象