大型计算机grads使用,大型机使用手册..ppt

大型机使用手册.

八作业提交 PBS指令 – 在脚本中以“#PBS”开头 #PBS -N jobname　 可选设置，作业名 #PBS –S /bin/bash 指定PBS的Shell为bash #PBS -P project number 必需设置，作业项目号，P+９位数字 # PBS -q queue 必须设置，队列名，Regular, Economy, Longtime (注意: 队列名大小写敏感) #PBS -l nodes=N:ppn=M 必须设置，N:节点数, M:每个节点核数 #PBS -l walltime=hh:nn:mm 可选设置，墙钟限制，不同队列，墙钟限制不一样，最长２４小时 八作业提交 #PBS -M me@eartch 可选设置，作业报告发送电子邮件地址 #PBS -m bea 可选设置，作业报告发送状态，b – 开始，e – 结束， a – 中止 #PBS –V 可选设置，复制用户环境变量 #PBS -o jobname.out 可选设置，标准输出输出文件 #PBS -e jobname.err 可选设置，标准错误输出文件 注：注释PBS指令，在指令前再加一个“＃”，例如：##PBS –V 　　PBS指令也可以通过命令行方式提供，不放到脚本中，指令前不需要加“＃PBS” 　　例如：qsub -n helloworld -P P123456789 -l nodes=2:ppn=12 -l walltime=00:05:00 -q Regular job.sh 八作业提交 变 量 名 说 明 登陆SHELL继承来的变量 包括$HOME，$LANG，$LOGNAME，$PATH，$MAIL，$SHELL和$TZ。 $PBS_O_HOST qsub提交的节点名称 $PBS_O_QUEUE qsub提交的作业的最初队列名称 $PBS_O_WORKDIR qsub提交的作业的绝对路径 $PBS_JOBID 作业被PBS系统指定的作业号 $PBS_JOBNAME 用户指定的作业名 $PBS_NODEFILE PBS系统指定的作业运行的节点名 $PBS_QUEUE PBS脚本在执行时的队列名 2. PBS的环境变量 八作业提交 ３. 命令运行方式 MPI程序 mpirun -n np mpi_app.exe OpenMP程序 export OMP_NUM_THREADS = np ./omp_app.exe 串行程序 ./serial_app.exe 八作业提交 示例一 MPI并行作业，使用两个节点，每个节点１２个核 #!/bin/bash #PBS –S /bin/bash #PBS -N helloworld #PBS -P P123456789 #PBS -q queue Regular #PBS -l nodes=2:ppn=12 #PBS -l walltime=00:05:00 cd $PBS_O_WORKDIR nprocs=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` mpirun -np $nprocs ./hello.exe 八作业提交 示例二 串行作业，使用1个节点，４个核运行4个任务 #!/bin/sh … #PBS -l nodes=1:ppn=4 … cd $WORK_DIR1 /usr/bin/time myapp1.exe & cd $WOR_DIR2 /usr/bin/time myapp2.exe & cd $WORK_DIR3 /usr/bin/time myapp3.exe & cd $WORK_DIR4 /usr/bin/time myapp4.exe WaitForAllDone.sh 八作业提交 示例三 关联作业 #!/bin/bash job1=`qsub job1.sh` job2=`qsub -W depend=afterok:$job1 job2.sh` job3=`qsub -W depend=afterok:$job2 job3.sh` job4=`qsub -W depend=afterok:$job3 job4.sh` exit 0 afterok: : 当指定的作业正常退出 afternotok: ：当指定的作业异常退出 afterany: : 只要指定的作业结束不论正常或异常 八作业提交 示例四，OpenMP作业 #!/bin/sh … #PBS -l nodes=1:ppn=12 … export OMP_NUM_THREADS=12 ./my_openmp_app.exe 八作业提交 q