linux 命令tf,linux常用命令及参数详细解读

修改命令行配色

复制粘贴下面两行代码：

echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

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man 命令，help 命令，或者某个命令的 --help 参数

man ls ## 用 man 命令查看 ls 命令的帮助文档

help ls ## 用 help 命令查看 ls 命令的帮助文档

ls --help ## 用 --help 参数查看 ls 命令的帮助文档

ls 命令

列出目录文件情况：

ls ## 列出当前目录的文件

ls ./ ## 同上，‘.’号代表当前目录

ls ./*txt ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件

ls ../ ## 列出上层目录的文件

ls -a ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件

ls -l ## 列出当前目录下文件的详细信息

ll ## ls -la 的简写

ls -lh ## 加上 -h 参数，以 K、M、G 的形式显示文件大小

ls -lh / ## 列出根目录下文件的详细信息

cd 命令

切换工作目录

cd .. ## 切换到上层目录，相对路径

cd / ## 切换到根目录

cd /teach/ ## 切换到根目录下的teach，绝对路径

cd - ## 返回上一次的工作目录

cd ~ ## 回到用户家目录

cd ## 同上，回到用户家目录

mkdir

# 创建目录

mkdir dir0

ls

mkdir dir0/sub1/sub2

ls

ls dir0

mkdir -p dir0/sub1/sub2

ls dir0

ls dir0/sub1/

mkdir -p test{1..3}/test{1..3}

tree

touch

ls

touch file.txt new.txt

ls

touch file{1..5}

ls

rm

rm -i file.txt

ls file*

rm file*

rm -r test1

mv

mv file1 Data/file2

cp

cp readme.txt Data/

mkdir dir0

cp -r dir0 Data/

ln

ln -s /teach/software/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./

tar

## 解压

tar -zxvf Data.tar.gz

## 压缩

tar -zcvf Data.tar.gz Data ...

cat

cat readme.txt

cat -n readme.txt

## 写入文件

cat >file

Welcome to Biotrainee() !

^C ## 这里是按Crtl C

## 查看

cat file

Welcome to Biotrainee() !

head、tail

head -n 20 Data/example.fq

## 查看 .bashrc 的最后 10 行

tail ~/.bashrc

## 查看第20行

head -n 20 Data/example.fq | tail -1

less

按 q 退出

less Data/example.fq

less -S Data/example.fq

less -N Data/example.fq

zless -N Data/reads.1.fq.gz

wc

cat -n readme.txt

cat readme.txt | wc

wc -l readme.txt

cut

less -S Data/example.gtf | cut -f 1,3-5

less -S Data/example.gtf | cut -d 'h' -f 1

sort

less -S Data/example.gtf | sort -k 4 | less -S

less -S Data/example.gtf | sort -n -k 4 | less -S

uniq

less -S Data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c

paste

less -S Data/example.fq | paste - - - | less -S

paste file1 file2

tr

cat readme.txt | tr 'e' 'E'

cat readme.txt | tr '\n' '\t'

cat readme.txt | tr -d 'e'

grep

grep Biotrainee -r ./

less -S Data/example.fq | grep 'gene'

less -S Data/example.fq | grep -w 'gene'

less -S Data/example.fq | grep -v -w 'gene'

正则表达式

cat readme.txt | grep '^T'

cat readme.txt | grep ')$'

cat readme.txt | grep 'f.ee'

cat readme.txt | grep 'f\?ee'

cat readme.txt | grep 're\+'

cat readme.txt | grep [bB]

sed

cat readme.txt | sed '1i Welcome to Biotrainee() '

cat readme.txt | sed '1a Welcome to Biotrainee() '

cat readme.txt | sed '1c Welcome to Biotrainee()

cat readme.txt | sed 's/is/IS/g'

cat readme.txt | sed '/^$/d'

cat readme.txt | sed 'y/abc/ABC/'

awk

less -S Data/example.gtf | awk '{print $9}' | less -S

less -S Data/example.gtf | awk '{print $9,$10}' | less -S

less -S Data/example.gtf | awk -F '\t' '{print $9}' | less -S

less -S Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") print $0}' | less -S

less -S Data/example.gtf | awk '{if($3=="gene") {print $0} else{print $3 " is not gene "}}' | less -S

less -S Data/example.gtf | awk '/gene/{print $0}' | less -S

less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{print "find UTR feature"} /UTR/{print $0} END{print "end"}'

less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t"} {print $9}' | less -S

less -S Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"} {gsub("gene","Gene",$3);print $0}' | less -S