choco修改安装地址_R基础入门2——packages的安装和管理

本文介绍了R语言中包的管理,包括如何安装和检查包,修改镜像地址以提升速度,从官网及非官网安装包,解决安装过程中的问题,以及包的更新和自动载入。重点讨论了.Rprofile文件在配置镜像和解决安装问题中的作用,以及使用devtools安装未上线的包。

1.package安装

1.1安装。

ea2eef974e394a95a1e2c1d7b2eba22a.png

7d3666522015b910ca4caadcd63b38e6.png

如上可用code或菜单栏Tool——Install Packages输入package名字进行安装

1.2镜像地址

镜像地址会影响package的安装速度。

63c3025bd5c89e46a132122fd01cafd5.png

通过getOption("repos")函数确认当下的镜像网站是哪里的。

通过菜单栏Tools —— Global Options(或者通过命令chooseCRANmirror( ) )可以将镜像地址修改为为距离所在地最近的,之后安装速度会快很多。

1.3 Rprofile文件

关闭R重新打开之后,以上修改过的镜像地址又回到了最初安装的默认镜像(通过菜单修改不会出现这个问题),如下。

所以最好通过.Rprofile文件进行修改(.Rprofile文件是一个R代码文件,在R启动时,如果这个文件存在,它会被首先执行。因此,如果我们有一些任务要在R启动时运行,或有一些个人选项要配置,都可以写在这个文件里)

先通过file.edit('~/.Rprofile')命令打开.Rprofile文件,然后添加如下代码:

.First <- function() {
options(
repos = c(CRAN = "https://pbil.univ-lyon1.fr/CRAN/"),
browserNLdisabled = TRUE,
deparse.max.lines = 2)
}

47eebe243c10d1c7c72c41f7016cde0e.png

1.4隐藏的镜像地址。

通过命令chooseCRANmirror() (或者菜单栏Tool)得到的明面上的并不是全部,如下France仅有3个,CRAN_mirrors.csv文件中有10个。 如果有需要可以借助于CRAN_mirrors.csv文件,使用隐藏的镜像地址。

3eb870ab53529439ee4c89b1b10c0d32.png

借助于CRAN_mirrors.csv文件,所有的镜像网站在这个csv中:

fa29512b4575534aebded45d2b41edf7.png

2. Check Package安装成功

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24503073f2df9182686c2e6739d625db.png

安装包库后检查包库是否安装成功,可直接采用library()函数进行加载即可,例如:library(ggplot2)或library('ggplot2')都是可以的,英文单引号双引号没区别,不要混用就好。加载后有的会出现warning提示信息,可自行翻译提示信息内容,一般来说只是包库的善意提醒,所以不要紧

3. Remove Package

右边菜单栏点击删除或者用code:

6ce0739d71f2694275b85861ff970a79.png

remove.packages('car')

4.未放在官网的安装包如何安装

4.1安装路径

搜索r package https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html

https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_date.html

以上官网中有所有上线的packages,ctrl + A,粘贴到Excel中可以搜索查询某个package是否上线。

正在开发的package(还未在R官网上线), 搜索devtool r package

https://cran.r-project.org/web/packages/devtools/index.html

先安装devtool工具, 在R studio中输入 install.packages('devtools')

4.2 安装中的常见问题

4.2.1问题1。

2780fc4484ab42f9698e5f46c89841ed.png

8f91d06a3796fd8170ac40c594a1c4f3.png

4585ec33ae98f5ac791d4f5d56ae4991.png

安装package中可能会出现各种问题如上1,检查code是否有错误;

问题2:修改镜像(可以通过命令chooseCRANmirror() 或者菜单栏Tool进行修改);

问题3: 检查这个package是否还未在官网上线,若是还在开发中未在官网上线的package,需要借助于devtools通过github安装

library(devtools)
install_github("Displayr/flipPlots")

devtools安装成功之后,安装未开发package之前需要先载入devtools:

(下图的require()与library()等价)

4.2.2问题2.

安装过程中可能出现如下Error,对于window10系统可以尝试先运行图片中的1或者2,再运行install命令。

c33ade77324e877e0984d86f6f56a658.png
Error in utils : : download.file(url, path, method = medhos, quiet = quiet, : cannot open URL …
options(download.file.method = "wininet") / options(download.file.method = "libcurl")

c4a389c5969b224d86aeee41b041a282.png

注:关闭R重新打开之后再次安装新的未开发的package仍然会出现上面的error,如下:

de1bb12b7c8d9cbea553fe21eb54672d.png

所以需要将 options(download.file.method = "libcurl")写入.R profile以避免每次都需要输入。同理devtools也写入之后,每次就无需先载入devtools。

注,以上代码写完之后,最后一定要多一行空行,否则会出现如下问题:

b6c55920f01cccc4290f2cea72308c6e.png

“Error: Failed to install 'flipPlots' from GitHub:
(converted from warning) incomplete final line found on 'C:UsersSaraDocuments.Rprofile'”

install_github("Displayr/flipPlots")

4d3ee23681dcf4e0506dd0ce439b838b.png

如上,可以同时安装多个packages

5. 包的更新。

update.packages() 。

查看已经安装包的描述,可以使用installed.packages( )命令。

6.包的载入

除了如上所述的执行命令library()外,如果需要,可以自定义启动环境(.R profile)以自动载入会频繁使用的那些包,就像上述对devtool和镜像地址操作的那样。

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