matlab画基因表达热图,科学网—使用pheatmap软件绘制基因表达热图 - 陈振玺的博文...

使用pheatmap软件绘制基因表达热图

Drawing heatmap about gene expression patterns through pheatmap package

写在前面    在基因的表达模式分析中，我们往往需要对量化的多个基因表达数据进行可视化处理，使得我们所关注的基因在物种的不同组织以及同一组织的不同处理下的表达情况一目了然。在日常研究中，我们往往习惯于选择热图实现这一基因表达模式可视化的需求，进而直观的表述我们的基因表达模式的分析结果。

基因表达热图     所谓基因表达热图就是通过不同的颜色反应同一基因在不同样本中的一个表达情况，具体如下图所示：

前面的博文主要就如何通过R语言中ggplots包中的heatmap.2函数绘制热图进行了介绍。但相比较而言，pheatmap较heatmap.2更为简洁以及易于理解，对于初学者而言是一款不错的热图绘制软件。

软件安装

source("http://biocoundctor.org/biocLite.R")

biocLite("pheatmap")

软件调用

library(pheatmap)

data

str(data)

as.data.frame(as.character(data[,1])) #定义列标题

data1

rownames(data1)

data1 #查看数据

pheatmap(data1,cluster