生信分析第四步:ROC曲线下面积批量筛选方法
各位解螺旋的小伙伴的大家好,欢迎来到每周一次的先锋宇专栏,不知道大家对于我每周日的专栏有没有一些期待呢?上一次的批量绘制生存曲线在各位小伙伴中反应很大,很多小伙伴都说再也不用在线数据库绘制生存曲线,感觉真的是奇丑无比。收到这样的反馈看来先锋宇助教把大家的审美水平提高了不止一点点,那么今天我们继续往下走,我们来看看根据ROC曲线下的面积来进行批量筛选的方法,这次我们就当回小孩子,我们不全部都要,我们要先选择最好的。
写在前面
很多小伙伴在做单基因的时候,最后做出来其余各方面的指标:比如免疫,生存都很不错,结果进行ROC曲线下面积的绘制时,直接心凉了半截。先锋宇助教不想让大家心寒,也不能让小伙伴们把以前在这里踩过的坑让大家再踩一遍,那么今天我们就来看看ROC曲线下面积的筛选方法。
代码演示
首先我们先来看看前面到单因素COX回归这里得到的筛选结果,没有跟上的同学要赶快看一看先锋宇专栏前面的内容哦
接下来我们进行ROC曲线下面积的筛选方法,首先我们需要解压survivalROC包为了后面调用包中的函数
library(survivalROC)
为了使用survivalROC包,我们先来看看使用这个包的帮助文档,这里我们使用help函数来调用帮助文档
help("survivalROC")survivalROC {survivalROC} R DocumentationTime-dependent ROC curve estimation from censored survival dataDescri