linux期中作业,Linux作业（1-12题）

一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。

(base) ynxie 19:55:09 ~

$ mkdir lianxi

(base) ynxie 19:55:42 ~

$ cd lianxi/

(base) ynxie 19:55:46 ~/lianxi

$ mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9

(base) ynxie 19:56:00 ~/lianxi

$ tree .

.

└── 1

└── 2

└── 3

└── 4

└── 5

└── 6

└── 7

└── 8

└── 9

9 directories, 0 files

(base) ynxie 19:56:05 ~/lianxi

$

二、在创建好的文件夹下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件 me.txt

(base) ynxie 20:04:20 ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9

$ touch me.txt

(base) ynxie 20:04:36 ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9

$ ls

me.txt

############

(base) ynxie 20:05:23 ~

$ touch ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9 me.txt

(base) ynxie 20:05:38 ~

$ cd ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9

(base) ynxie 20:05:48 ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9

$ ls

me.txt

三、在文本文件 me.txt 里面输入内容:

(base) ynxie 20:05:50 ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9

$ vim me.txt

(base) ynxie 20:10:29 ~/lianxi/1/2/3/4/5/6/7/8/9

$ cat me.txt

Go to: http://www.biotrainee.com/

I love bioinfomatics.

And you ?

四、删除上面创建的文件夹 1/2/3/4/5/6/7/8/9 及文本文件 me.txt

(base) ynxie 20:15:44 ~

$ rm -r lianxi/

(base) ynxie 20:16:38 ~

$ ls

五、在任意文件夹下面创建 folder1~5这5个文件夹，然后每个文件夹下面继续创建 folder1~5这5个文件夹，效果如下：

(base) ynxie 20:16:40 ~

$ mkdir lianxi

(base) ynxie 20:49:43 ~

$ cd lianxi/

(base) ynxie 20:49:46 ~/lianxi

$ mkdir -p folder_{1..5}/folder_{1..5}

(base) ynxie 20:49:50 ~/lianxi

$ tree .

.

├── folder_1

│ ├── folder_1

│ ├── folder_2

│ ├── folder_3

│ ├── folder_4

│ └── folder_5

├── folder_2

│ ├── folder_1

│ ├── folder_2

│ ├── folder_3

│ ├── folder_4

│ └── folder_5

├── folder_3

│ ├── folder_1

│ ├── folder_2

│ ├── folder_3

│ ├── folder_4

│ └── folder_5

├── folder_4

│ ├── folder_1

│ ├── folder_2

│ ├── folder_3

│ ├── folder_4

│ └── folder_5

└── folder_5

├── folder_1

├── folder_2

├── folder_3

├── folder_4

└── folder_5

30 directories, 0 files

六、在第五题创建的每一个文件夹下面都 创建第二题文本文件 me.txt ，内容也要一样。(这个题目难度超纲，建议一个月后再回过头来做)

~

七，再次删除掉前面几个步骤建立的文件夹及文件

(base) ynxie 20:49:54 ~/lianxi

$ rm -r folder_{1..5}

八、下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed 文件，后在里面选择含有 H3K4me3的那一行是第几行，该文件总共有几行。

(base) ynxie 20:53:52 ~/lianxi

$ wget -c http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed

$ nl ./test.bed | grep "H3K4me3"

九、下载 http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 文件，并且解压，查看里面的文件夹结构。

(base) ynxie 22:07:37 ~/lianxi

$ wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip

(base) ynxie 22:10:52 ~/lianxi

$ tree .

.

├── rmDuplicate

│ ├── picard

│ │ ├── paired

│ │ │ ├── readme.txt

│ │ │ ├── tmp.header

│ │ │ ├── tmp.MarkDuplicates.log

│ │ │ ├── tmp.metrics

│ │ │ ├── tmp.rmdup.bai

│ │ │ ├── tmp.rmdup.bam

│ │ │ ├── tmp.sam

│ │ │ └── tmp.sorted.bam

│ │ └── single

│ │ ├── readme.txt

│ │ ├── tmp.header

│ │ ├── tmp.MarkDuplicates.log

│ │ ├── tmp.metrics

│ │ ├── tmp.rmdup.bai

│ │ ├── tmp.rmdup.bam

│ │ ├── tmp.sam

│ │ └── tmp.sorted.bam

│ └── samtools

│ ├── paired

│ │ ├── readme.txt

│ │ ├── tmp.header

│ │ ├── tmp.rmdup.bam

│ │ ├── tmp.rmdup.vcf.gz

│ │ ├── tmp.sam

│ │ ├── tmp.sorted.bam

│ │ └── tmp.sorted.vcf.gz

│ └── single

│ ├── readme.txt

│ ├── tmp.header

│ ├── tmp.rmdup.bam

│ ├── tmp.rmdup.vcf.gz

│ ├── tmp.sam

│ ├── tmp.sorted.bam

│ └── tmp.sorted.vcf.gz

├── rmDuplicate.zip

└── test.bed

7 directories, 32 files

十、打开第九题解压的文件，进入 rmDuplicate/samtools/single 文件夹里面，查看后缀为 .sam的文件，搞清楚 生物信息学里面的SAM/BAM 定义是什么。

(base) ynxie 22:16:05 ~/lianxi/rmDuplicate/samtools/single

$ ls -l *.bam

-rw-rw-r-- 1 ynxie ynxie 8984 Nov 12 2016 tmp.rmdup.bam

-rw-rw-r-- 1 ynxie ynxie 10295 Nov 12 2016 tmp.sorted.bam

十一、安装 samtools 软件

source activate rna

conda install -y samtools

十二、打开 后缀为BAM 的文件，找到产生该文件的命令。 提示一下命令是：

(base) ynxie 22:32:09 ~/lianxi/rmDuplicate/samtools/single

$ find . -name "*.bam"

./tmp.sorted.bam

./tmp.rmdup.bam