weixin_37970950的博客

原创 GATK4 MarkDuplicates的htsjdk.samtools.SAMException: /tmp/.tmpnot found& (Too many open files)报错解决

发现只要在跑GATK4 MarkDuplicates 加上参数–MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP 3000 （默认的是8000，改为3000，如果还不行的话改的更小直到能跑）即可解决。本小白在服务器之前运行GATK4 MarkDuplicates完全没有问题，忽然有一天同样的文件同样的代码发现无法运行，并且报错如下，经过七七四十九天的研究，头都炸了终于发现了解决办法。