Li‘s 核磁共振影像数据处理-25|Li‘s 影像组学radiomics视频学习笔记(番外1)-PyRadiomics提取出的影像组学特征不完全符合IBSI?怎么办?

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“For the most part, yes.”
关于PyRadiomics提取出的影像组学特征是否符合Image biomarker standardisation initiative(IBSI),PyRadiomics官方已给出答案:https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/faq.html#does-pyradiomics-adhere-to-ibsi-definitions-of-features

简单归纳如下:
1、 PyRadiomics的开发考虑了IBSI,但部分提取出特征的定义有所不同。
2、 最主要的不同在灰度值离散化(gray value discretization),即binning的定义方式,以及重采样(resampling)方式。
3、 Binning的具体不同。PyRadiomics采用了固定的bin width,IBSI中如果进行了absolute-resegmentation或sigma-resegmentation则采用最小的resegmentation或sigma-resegmentation。
4、 重采样对齐方式不同。重采样过程中,IBSI规定从图像中心对齐,而PyRadiomics是从图像的一角对齐。
5、 重采样时灰度值近似方式不同。IBSI认为如果原始影像的数据类型精度低时,则重采样到类似的精度。PyRadiomics则无此考虑。
6、 Mask的重采样方法有差异。IBSI中提示可以采用不同的方法对mask进行插值。但PyRadiomics由于支持多个标签,为防止出错,仅使用最近邻插值法(nearest neighbor)。
7、 另有可通过设置调整PyRadiomics与IBSI的不同。IBSI中进行了absolute 和sigma resegmentation,但PyRadiomics中每次只能计算一种。
8、 峰度的计算,ISBI和PyRadiomics选择了不同的公式,有3的差别。
9、 此外,PyRadiomics对每个特征介绍时,与ISBI有差异的进行了提示。

在这里插入图片描述
总结,PyRadiomics与IBSI对影像组学特征的定义略有区别,但不能说孰优孰劣。且IBSI也仅是倡议(initiative),并非标准。只要在发表文章中申明使用了PyRadiomics进行的影像组学特征提取即可。如有审稿人或读者提出疑问,把PyRadiomics的官方解释“复制粘贴”就行了。

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