r语言glmnet_一个让你随意发3分SCI的预后模型(R语言)

本文介绍了如何使用R语言的glmnet库构建预后模型。通过示例代码展示了从数据导入到模型构建的完整过程,包括变量选择和交叉验证,强调了选择合适λ值的重要性。
摘要由CSDN通过智能技术生成

都在做生信分析,都想一鸣惊人,一个3分的预后模型,拿走不谢!

直接上代码,你只需要复制即可

library(glmnet)

library(survival)

library(foreign)

read.csv(file="D:\\R语言工作数据\\LASSO.csv")

Mydata

Mydata

Mydata

head(Mydata)

str(Mydata)

Mydata$Status

str(Mydata)

x

y

lasso

print(lasso)

未列出。解释:以第56行为例,可以看出模型中包含的非0系数变量的数量为23,还可以看出解释偏差百分比为10.08,以及这一行的调优系数λ的值为0.000749。

此处即可决定选择在测试集上使用这个λ(即0.000749),但如果选择这个λ值,则我们并没有达到任何缩减变量的目的,之前为23,现在剩余变量仍为23

所以我们可以选择λ=0.059330,对应模型中有5个特征。此时,一些统计图是非常有用的。我们先看看程序包中默认的统计图,设定label = TRUE可以给曲线加上注释,

plot(lasso, xvar = "lambda", label = TRUE)

  • 0
    点赞
  • 3
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值