r语言怎么把txt数据变成一个Rdata格式_BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式...

简介

http://biom-format.org/

BIOM格式是微生物组领域最常用的结果保存格式，优点是可将OTU或Feature表、样本属性、物种信息等多个表保存于同一个文件中，且格式统一，体积更小巧，目前被微生物组领域几乎所有主流软件所支持：

• QIIME

• MG-RAST

• PICRUSt

• Mothur

• phyloseq

• MEGAN

• VAMPS

• metagenomeSeq

• Phinch

• RDP Classifier

• USEARCH

• PhyloToAST

• EBI Metagenomics

• GCModeller

• MetaPhlAn 2

BIOM格式于2012年Rob Knight首发于我国GigaScience杂志上，被引242次。

The Biological Observation Matrix (or BIOM, canonically pronounced biome) 是微生物组分析的核心数据类型。

我们主要了解以下三方面的内容：

1. BIOM文件格式的定义；

2. biom命令对文件格式的转换、添加元数据、总结等；

3. 使用Python和R操作BIOM文件

biom工具安装

常用的biom操作工具是一个python包，可通过pip、conda等安装

# 安装依赖关系科学计算包
pip install numpy
# 安装biom包
pip install biom-format
# 安装biom2.0格式支持
pip install h5py
# 显示命令行
biom

更推荐，conda安装 python和r相应的操作包

相应bioconda包在 https://bioconda.github.io/recipes.html 查询名称和版本详细

# 安装Python包
conda install biom-format # 2.1.7
# 安装r的biom包
conda install r-biom
# 或安装r微生物组包，包括了r-biom
conda install bioconductor-microbiome

主要功能如下

sage: biom [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

ptions:
 --version   版本Show the version and exit.
 -h, --help  帮助Show this message and exit.

ommands:
 add-metadata       添加元数据 Add metadata to a BIOM table.
 convert            文本表格与biom互转 Convert to/from the BIOM table format.
 from-uc            转换uc为biom Create a BIOM table from a vsearch/uclust/usearch BIOM...
 head               跳过表头 Dump the first bit of a table.
 normalize-table    标准化 Normalize a BIOM table.
 show-install-info  提供安装信息 Provide information about the biom-format installation.
 subset-table       提取子集 Subset a BIOM table.
 summarize-table    统计摘要 Summarize sample or observation data in a BIOM table.
 table-ids          转储 Dump IDs in a table.
 validate-table     格式验证 Validate a BIOM-formatted file.

文件格式

http://biom-format.org/documentation/biom_format.html

BIOM目前分为1.0 JSON和2.0 HDF5两个版本；

1.0 JSON是编程语言广泛支持的格式，类似于散列的键值对结果。会根据数据松散程度，选择不同的存储结构来节省空间。

2.0 HDF5是二进制格式，被许多程序语言支持，读取更高效和节约空间。

小提示和常见问题

BIOM的目的是存储和处理大、松散的表；储存研究主要信息为单个文件；格式在不同软件间通用。

下面是OTU表常用存储的两种样式

紧密OTU表 A dense representation of an OTU table:

OTU ID PC.354  PC.355  PC.356
OTU0   0   0   4
OTU1   6   0   0
OTU2   1   0   7
OTU3   0   0   3