linux分析mirna,利用miRanda軟體分析miRNA targets

如果我們有一條序列，想知道上面有沒有miRNA targets，有什麼工具可以幫我們完成呢?

今天就來介紹一個歷史悠久，預測miRNA targets的好工具-miRanda。

miRanda的演算法發表自2003年，也是全世界第一個發表miRNA target的預測軟體，跟其他相似的分析工具(如TargetScan, PicTar)比起來，miRanda不但提供了搜尋網頁(http://www.microrna.org/)，還提供軟體下載，甚至開放了軟體原始碼可以讓使用者自行修改程式，是不是很棒呢?

讓我們先下載軟體來使用吧，請注意:miRanda必須在Linux或是Macintosh OS-X環境下執行。

首先連到miRanda網站(http://www.microrna.org/)，然後點Download

將頁面往下捲，選擇miRanda-aug2010下載

下載後需透過指令模式才能使用，例如Mac OS-X的應用程式”終端機”。

將下載的檔案解壓縮並安裝，步驟可參考檔案INSTALL或是網站上FAQ(如下圖)

將miRNA序列和你的序列分別存成FASTA格式的文字檔，比如我把所有human miRNAs序列存成has_miRNA.fa，要找target的序列存成target.fa，基本指令如下:

結果如下：

每一筆預測結果都會計算分數(Score)，每個鹼基配對(base-pairing)會得到一個特定分數:

A:U = 5

G:C = 5

G:U = 2

Gap opening: -9.0

Gap extension -4.0

All other base pairs (mismatches) = -3

另外每一個鹼基配對位置s(i)會乘上一個權重值w(i)，位置2-8屬於seed區域，權重值較高。

Position s(i)

Weight w(i)

1

1.0

2-8

4.0

9-21

1.0

最後將所有位置的數值加總，就是miRNA target的分數(Score)

Score = SUM(over i) [ w(i) s(i) ]

我們也可以設定Score門檻，比如Score必須大於140，這樣可以得到較準確的預測值

如果覺得得到的結果仍然太多，miRanda提供很多更嚴格的設定條件(如energy，自訂penalty數值，不允許任何mismatch出現在seed region等)，請參考使用者手冊 (http://cbio.mskcc.org/microrna_data/manual.html)

謝謝分生所Dr.徐唯哲提供