各位同道大家好,今天我给大家演示一下,
如何通过python编程,编写一个科研小程序,
把平时无法处理的医学图像进行特殊化处理,从而获取科研分析数据,
软件的图形界面
点打开文件夹按键,把图片放入指定的文件夹
点目录按键,可以看到所有的文件名
我们把cat.jpg复制到选框内,打开文件
灰度图
我们先演示几个简单的功能,比如:灰度图
边缘检测图
我们把阈值设定为20,点边缘检测
黑白二值化图
我们把阈值设为50,点黑白二值图
通过调整阈值,可以调整黑白转化的效果
如果点200,图片就会黑多白少
黑白二值图像对于图像分析非常有用,
通过将图片简单二值化,我们就可以进一步分析
我们将黑白图片名称放于选框,点黑白比例按键,
可以计算黑的部分占图片比例为19.1%
通过这种办法,我们就可以计算图像中的不规则图形的面积
亮度,对比度,色度
我们点批处理文件夹,把平时开年会拍的课件图片,放入文件夹内
下拉框可以选程度
我们点亮度,就可以将全部的图片进行替换,我们可以看到图片整体的亮度降了一档
下面的是对比度+2
下面的是色度-2
接下来,我们进入本次主题,我们的任务是:
如何分析下面的图片
下面的这张,是一个上眼睑的睑板腺图片,
相信科室里有图像分析仪的同道,研究眼表MGD,睑板腺功能障碍的同行
对这张睑板腺分析的图片一定不会陌生
当然,这个也是用特殊手段拍摄的,通过红外光,我们可以清晰地看到每一根睑板腺的腺管
而我们的目标,是进行量化分析,
分析腺管占整个眼睑的面积
要想量化分析,需要进行黑白二值化处理
而这个图像处理起来的难度在于,虽然我们能看到腺管,但如果直接进行黑白二值化处理,结果不如人意
如果直接进行处理,结果是这个样子的
如果想直接提高对比度,虽然边缘强化了一点,但会导致局部太亮,效果也不好
这时,我们就需要对图像进行一种特殊的操作
让整个图像亮度均衡化,同时,还让边缘更加明显
这个,就是我们进行图像强化后的效果,可以看出,边缘被大大强化,
同时,这个强化处理的特殊之处在于,强化非常均匀,我们可以看出,角膜原来最黑的地方,反而变得不那个黑了
这就大大有利于进一步的分析了
使用这种特殊滤过后的图像,就可以清晰地显示腺管的结构啦!
只要目标能被分离出来,其它的就好办了,我们把目标提取出来
搞定!
腺管的面积占有的像素是 60359
同样,睑板的面积,用像素表示就是:130749
通过这种方法,我们就可以计算出,腺管占整个睑板的面积比例是:60359/130749=46.16%
通过这种方法,我们就可以对一些模糊,同时又很不规则的图像进行分析
这个技术,之前在matlab中,实现了上述图像处理,但matlab实现起来,实在是太麻烦,而通过python编程的话,可以让不懂编程的人,也可以同样操作处理
好了,今天的python演示,就到这里,
有对图像分析有需求的同道,可以跟我联系,diyue9@126.com,
我可以根据各位同道的需求
量身订做相应的分析软件
下一期,我会给大家展示一个更加强悍的图像分析软件,可以大量挖掘潜在数据的神器,敬请期待哟
光环附体!