linux系统安装本地r包,linux环境下安装R包DESeq2的报错以及解决方法-CSDN博客

前段时间电脑卡死，强制关机后电脑无法启动，后重装系统，然后又重新安装R和rstudio，在安装R包DESeq2的时候出现一系列报错。首先，执行安装命令后，出现报错：ERROR: compilation failed for package 'Hmisc' and 'RcppArmadillo'。字面意思就是这两个依赖包编译失败，那就一个一个解决。

先尝试安装Hmisc。

install.packages("Hmisc")

报错：dependency 'png' is not available for package 'latticeExtra'; ERROR: compilation failed for package 'jpeg'。这...依赖包的依赖包？没办法，那就再安装这两个依赖包。

install.packages("png")

出现报错：libpng16.so.16: cannot open shared object file: No such file or directory。很明显这是缺少了这个库文件。上网去查，发现有用yum安装的，有用conda安装的，都尝试了并没有用。

最后看到了一个别人解决类似库文件的方法(https://www.cnblogs.com/liang-wei/p/9513913.html)。首先直接查找libpng16.so.16文件，发现其中一个在/user/local/lib路径下面，然后做一个链接到/user/lib64下：

sudo ln -s /user/local/lib/libpng16.so.16 /user/lib64/libpng16.so.16

再尝试安装png包，无报错安装成功。然后安装jpeg包：

install.packages("jpeg")

依然报错：ERROR: compilation failed for package 'jpeg'。上网查了一下，说是缺少libjpeg的开发包内包含的头文件，安装libjpeg-devel即可(https://www.cnblogs.com/weiwg/p/6592516.html)：

yum install libjpeg-devel

再尝试安装jpeg包，安装成功。两个依赖包安装成功后，安装Hmisc包，安装成功。最后，安装依赖包RcppArmadillo：

install.packages("RcppArmadillo")

报错：ERROR: compilation failed for package 'RcppArmadillo'。这个报错的原因是：在安装DESeq2包时，R会搜索最新的相关安装包进行安装，如果操作系统的版本较低与R包不兼容，就会出现编译等错误(https://blog.csdn.net/lichangzai/article/details/39960195)。

解决办法要么升级系统要么安装较低版本的R包，我选择了后者(操作系统过新也会产生一些问题，这台电脑操作系统版本原来为centos7.6，之后更新为centos7.8，之前强制关机后无法开机据说就是新版本操作系统的bug，好巧不巧让我给遇上了)。那么，就下载低版本R包：http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/RcppArmadillo。最新版本为0.9的，我选择了0.8当中最新版本的。

然后手动安装R包：

R CMD INSTALL -l /home/ngs/R/x86_64-redhat-linux-gun-library/3.6 RcppArmadillo_0.8.600.0.0.tar.gz

注意，这条命令要在安装包所在的路径下面运行，否则需要在安装包名称前面加上绝对路径。然后安装位置就是R的library路径下，有的系统可能有很多个R，要注意区分你现在运行的R在哪个路径下。安装成功后，直接在rstudio里面library该安装包，无报错说明安装成功。

所有依赖包全部安装成功后，最后安装DESeq2，无报错，运行正常，问题解决。