linux下的go富集分析,GO富集分析

一、程序与文件准备

1. 下载并安装libgd，gd图形库。网址: https://bitbucket.org/libgd/gd-libgd。

# gdlib-config

使用上述命令能查看libgd的一些信息，比如版本和库文件和头文件所在的路径。

2. 在cpan中下载GD并安装。网址：http://search.cpan.org/。安装过程中输入命令如下：

# cd GD-2.XX

# perl Makefile.PL

# make

# make test (optional)

# make html (optional)

# make install

上面第2步中该perl程序会通过gdlib-config程序来检查libgd的版本，看是否满足安装条件。出了问题必须检查$PATH中是否有/usr/local/bin。

3. 安装GO-TermFinder。网址：http://search.cpan.org/。

4. 下载最新的Ontology文件gene_ontology_edit.obo或gene_ontology.obo。网址：http://obo.cvs.sourceforge.net/viewvc/obo/obo/ontology/genomic-proteomic/。