R语言堆叠占比柱状图_R语言执行单因素方差分析及多重比较-CSDN博客

本文介绍了如何使用R语言进行单因素方差分析(ANOVA)来比较多组数据的均值差异，强调了数据正态性和方差齐性的检验重要性。通过示例数据展示了对不同土壤环境下细菌群落Chao1指数的分析过程，以及相关假设检验的方法。

摘要由CSDN通过智能技术生成

R语言执行单因素方差分析(单因素ANOVA)及多重比较

对于两组数据间的差异分析，最常见的方法就是使用T检验比较两组均值是否存在显著不同。当拓展到多组(三组及以上)时，使用T检验逐一两两比较的方法无疑是低效的，不仅仅由于需要的检验次数增多，而且发生I型错误(拒绝真)的概率也会增大。Fisher提出一种广义T检验的方法来比较三组及以上总体的均值，称为方差分析(ANOVA)。

说到ANOVA，相信大家也并不陌生，这也是在统计学中最常见的统计推断方法之一。几种常见的ANOVA包含单因素方差分析(单因素ANOVA)、单因素协方差分析(ANCOVA)、双因素方差分析(双因素ANOVA)、重复测量方差分析(重复测量ANOVA)、多元方差分析(MANOVA)等。本篇首先介绍其中最常涉及的单因素ANOVA在R语言中的实现过程，一组因子变量对应一组因变量；其它几种类型，会在后续的几篇文章中再一一阐述。

本文使用的作图数据的网盘链接(提取码z4w4)：

https://pan.baidu.com/s/1J-9GsmoHuQ_CEpxeWyEQsA

数据预处理

示例数据说明

我们首先将示例数据读到R中，并从中挑选部分数据作为演示。

#读入文件
soil group  soil  
#以 chao1 指数为例，同时将分组列转换为因子变量
chao1 chao1$site str(chao1)
head(chao1)

假设存在这么一个研究：

我们在3个地域(A、B、C)分别采集了土壤样本，即获得了3种类型的土壤，并通过16S测序，获得了每种类型土壤中细菌群落的Alpha多样性指数。我们想要得知，三种土壤环境下的细菌群落的Alpha多样性指数