生信分析矫正P值_实用的在线生信工具汇总（三）

最新推荐文章于 2023-05-03 17:44:06 发布
最新推荐文章于 2023-05-03 17:44:06 发布
阅读量822 收藏 7
点赞数
文章标签： 生信分析矫正P值
本文介绍了三个实用的生信在线工具：WebLogo 3用于创建序列标识图，GSDS 2.0绘制基因结构，PlantRegMap则涉及转录因子预测与分析。这些工具在生物信息学研究中具有广泛应用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

e84682836ccba8670c2b6dce064e8f57.png

​导语：

这是本系列的最后一期了，继续给大家介绍几个实用的生信小工具

1. WebLogo 3 (http://weblogo.threeplusone.com/)

我们阅读文献时肯定看到过下面这种图，它叫序列标识图（Sequence logo），是基于多序列比对的序列保守性可视化图形。图片的你一定好奇这种漂亮的图怎么画的吧，其实用上面的工具就能很容易地做出来。

729ee6572813927e7bfb5f1fcb1e6cfd.png

打开上面的网址，先看一下WebLogo的主界面，在简介中可以看到这是一个专门做Sequence logo的在线工具，目前已经有超过7000篇文章使用。下面简单介绍使用方法。

点击creat进入作图界面，在输入框中输入数据（注意为fasta格式文件）

最低0.47元/天 解锁文章
weixin_39616348
关注
生信分析矫正P值_TCGA数据分析系列（二）：数据库之GEPIA2
weixin_39603217的博客
11-22 1900
所谓工欲善其事，必先利其器，从今天开始，我们来介绍TCGA数据库的使用。今天我们来介绍一款非常容易上手的数据库：GEPIA2 链接点这里 话不多说，直接进入正题GEP1A2数据来源 如图所示，GEPIA2数据来源于TCGA和GTEx数据库。TCGA我们已经介绍过，不过GEPIA2对TCGA数据经过了筛选，具体筛选标准并没有详细介绍。比如肝癌TCGA有372例肿瘤组织，这里只有369例。 下面简单介...
生信分析矫正P值_好看的富集分析图GOplot
weixin_39640265的博客
11-23 1525
GO分析在科研中十分常见，简单的表格或者柱状图已经很难满足大家的需求，今天小编介绍一个专注于可视化的R包--GOplot。安装及加载###########安装#install.packages('GOplot')#install_github('wencke/wencke.github.io')###########加载library(GOplot)数据准备：data(EC)head(E...
【生信分析常用软件】plink常用功能
最新发布
jxm的博客
05-03 1万+
由哈佛大学的Shaun Purcell开发的一个免费，开源的全基因组关联分析软件。1.数据提取，合并、提取特定SNP、样本、基因组某段区域的基因型3.；2. 数据（计算样本杂合度和SNP位点杂合度、最小等位基因频率MAF）3. 格式转换；4. 遗传参数4.1 计算最小等位基因频率4.2 计算杂合度4.3 计算LD、过滤R24.4 计算亲缘关系IBS，构建G矩阵；4.5 计算近交系数 ( 统计样本ROH)；5. PCA6. plink将关联分析结果里的SNP注释：参考。
p值校正，FDR（BH法）的实现过程
热门推荐
weixin_42480153的博客
06-18 3万+
原理：我们要看下最常用的BH法的论文 做m次无效假设作物的数量 那么，被错误地拒绝了的无效假设的比例Q=V/(V+S)=V/R 所谓的FDR值就是Q的期望值，E（Q）=E（V/R） 如果无效假设是正确的（s=0且v=r），FDR值就和FWER（familywise error rate）一样，假设v=0(结合s=0,就是说假设结果一次错误都没有出),Q就为0；如果v>0(出...
植物基因组数据库
qq_36608036的博客
10-30 4999
植物基因组数据库 0.072 2018.08.24 21:39:15 字数 748 阅读 1054 | Database | URL | Species | | RARTF | http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/ | 拟南芥 | | AGRIS, AtTFDB | http://arabidopsis.med.ohio-state.edu/AtTFDB/ | 拟南芥 ...
生信分析矫正P值_甲基化芯片数据的差异分析
weixin_39902598的博客
11-16 1030
今天是生信星球陪你的第612天 大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！花花写于2020-5-1，去年今天签了劳动合同，正式工作一周年啦~纪念一下。感谢曾老板！火山图有误，阅读原文看修改版前情提要前面两个步骤已经完成了数据...
生信分析矫正P值_万字长文+诚意满满 | 单细胞转录组分析最佳思路综述
weixin_39636226的博客
11-22 2672
今天是生信星球陪你的第618天 大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！刘小泽写于2020.5.6-5.8历时三天，终于理解完！不仅仅是综述，更不是纯翻译文，而是将其中重要的知识点和之前个人所学结合起来”一阳指和狮吼功合并...
WebLogo3为附件中.fasta里的DNA序列创建序列标识图
qq_43337249的博客
10-24 2万+
用WebLogo3（https://weblogo.threeplusone.com/）为附件中exercise2.fasta里的DNA序列创建序列标识图。参数设置：Color scheme = Chemistry（AA）。结果保存图片提交。再从WebLogo的网站上找找看，这组序列是什么序列，序列标识图中显示出的保守位置有什么意义。` 在这里插入代码片 得分指导： 做出序列标识图并查看保守位置生物学意义。 要点：颜色参数设置正确后做出的序列标识图和网站上现成的序列标识图颜色是不一样的。若一样，不得分..
为基因序列片段在NCBI的GenBank数据库申请登录号
HUANWEIFENXI的博客
09-05 7875
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！ 本文详细地介绍了如何为一个基因序列片段在NCBI的基因数据库GenBank上申请登录号。 微生物领域的研究者或许都有接触过菌的纯化培养，当培养出一个非常符合预期的菌，你一定会迫不及待地想知道这菌是一个什么属或什么种，或许还想为
利用在线工具weblogo3画图，有些问题想寻求大家帮助！
sengmoone的博客
04-04 1109
而且weblogo3导出的EPS格式也没法打开，又因为数据是蛋白序列，不像核酸序列因子那么少。不知道站内各位高手有无解决办法，或者简洁一点的代码。想要达到下图的probability的话只能用weblogo3，虽然可以利用r语言跑代码绘画，奈何本人代码实力堪忧。直说主题，用mega软件的Alignment功能导入了氨基酸肽段序列信息后，保存为FASTA格式。导入WEBLOGO3页面，output选项当中，只有EPS和Data格式是可以点击的。旧版本的weblogo，只可以画出bits的效果。
p-value矫正方法
XIAOFEI@IDO
11-04 1万+
几个同义词概念 p-value：常用的统计学显著性检验指标，衡量一次检验假阳性率的指标（False positive rate） ； Q value：调整后p-value，衡量错误发现率的指标（False discovery rate，简称FDR）。即使用Q value的这个参 数预估FDR。 adjust p-value：调整后p-value值 通常情况下，我们可以认为Q value = FDR = adjusted p value; 实际上，还是要依据具体的数据分析方案定义 Adjust p-val
使用gsds绘制基因结构图_基因结构图的绘制
weixin_39970855的博客
12-21 1921
问题如下:我想在NCBI上找猪KIT(FJ938289)基因的结构图以及其内含子和外显子的序列？基因的内含子和外显子的序列在NCBI找到基因序列之后，要确定其内含子和外显子的序列是比较简单的。如果是RefSeq序列的话，那就更加容易了。简单的思路就是跟基因组序列比对就行了。% 用NCBI的Splign工具，详见：图解：如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列 。%但由于猪KIT(FJ9...
一图五维联合展示GO、Pathway富集分析结果
微生信
08-07 4873
GO和Pathway富集分析是功能分析不可或缺的一部分，GO和Pathway富集分析结果的展示也是五花八门：条形图，气泡图，山脊图等等。由于GO分成三部分：生物过程（Biological process）、细胞组分（Cellular component）和分子功能（Molecular function），因此结果展示中需要进行区分。今天微生信为大家带来一张漂亮的多维GO、Pathway富集分析结果图。...
生信的一些基本知识-p-value和富集分析与BP,CC,MF联系
qq_45478665的博客
07-29 3万+
01 — 什么是P-VALUE?请用自己的语言简要概括，并举一例子 在假设原假设（H0）正确时，出现现状或更差的情况的概率。 在生物信息学差异分析的表达图中，p-VALUE代表的是显著差异，p值越小，代表这个基因的表达越显著， 举例：H0:硬币均匀，正反出现概率各为1/2。 这次实验我们抛10次硬币，发现有8次反面，那么在这里面出现的现状和更差的情况是8,9,10,0,1,2 ...
p-value
weixin_30240349的博客
03-31 1079
p-value 　　p-value翻译为假定值，假设几率。我们在生物信息中通常使用p值方法（P-Value,Probability, Pr）来做检验。那么p-value是什么呢？其实P-value就是一种概率，表示在原假设为真的前提下出现观察样本以及更极端情况的概率。 　　什么叫“更极端”情况呢，在此我们借用（https://blog.csdn.net/rongbaohan/article/...
p-value&FPR以及q-value&FDR
sixu_9days的博客
01-07 2万+
在测序数据中，我们经常能在差异统计表格看到P-value以及FDR值。而在生信数据的分析中，也会经常对P-value进行FDR校正。这么做的目的是什么，FDR校正的原理又是什么呢？ 首先我们来看P-value的定义：在假设检验中，当原假设（H0）为真时，所得到的样本观察结果或更极端结果出现的概率。 如果P-value很小，说明原假设为真时，这个数据甚至更极端的数据出现的概率很小；而当P-val
原理分析_Homer的motif分析原理篇
weixin_29165725的博客
12-27 9626
写在前面的话前面我们说到，HOMER软件可以进行多种类型的motif分析，如 promoter motif analysis ，基因组位置motif分析(ChIP-seq分析中的motif分析)，利用自定义的fasta文件进行motif分析，RNA序列的motif分析(分析CLIP-seq数据中的RNA binding elements)。但是，不管我们如何调用HOMER，对于发现mo...
基因组序列genbank格式和fasta格式批量下载
Curry_chenhu的博客
11-07 7875
实验内容： 1.在PATRIC数据库检索栏选择“Genomes”，以Bifidobacterium（双歧杆菌）为关键字进行检索。 2.对上述检索结果进行进一步的过滤筛选，选择“Genomes Status”下的“Complete”，以及“Host Name”下的“Human, Homo sapiens”，完成检索结果的过滤筛选。 3.下载2中过滤后的结果，并保存为CSV文件格式。 4.利用Python提取CSV文件中各个基因组的“GenBank Accessions”，存储到想要的python列表中。 5.
RNAseq生信分析入门：工具、策略与案例解析
"这是一份关于RNAseq生信分析的学习笔记，主要涵盖了RNAseq的基本概念、常用工具推荐、分析策略以及差异表达分析等方面的内容。笔记中提到了如何通过文献搜索来获取RNAseq的相关资料，并强调了理解基本概念、关键词...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值