R plot图片背景设置为透明_一文学会网络分析——Cooccurrence网络图在R中的实现...

作者：陈亮  单位：中科院微生物所

编者按：在菌群月坛，在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验，不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识，更使我手上一个关于菌根的课题有极大的启示。这么好的知识，当然希望和大家分享，故约稿陈博士在“宏基因组”发布一下他的经验，感谢陈博士的整理和分享。下面是正文：

网络分析背景知识

近年来，随着计算机技术的发展，网络科学研究在社会网络方面的分析方法已经成熟，从而促进了网络分析方法向其他领域的渗透，例如：信号传导网络、神经网络、代谢通路网络、基因调控网络、生态网络等。

基于图论(Graph theory)的网络科学认为，任何非连续事物之间的关系都可以用网络来表示，通过将互联网内的电脑、社会关系中的个人、生物的基因等不同属性的实体抽象为节点(Node)，并用连接(Link)来展示实体之间的关系，通过量化以节点和连接为组件的网络结构指数(Index)，从而能够在统一的框架下寻找复杂系统的共性。

目前生态学领域大家用到的网络图多为基于群落数据相关性构建的Co-occurrence网络图。此类网络可以采用R中igraph包构建并实现出图。当然，除此之外，还有一些非命令行的软件，例如cytoscape，gephi，pajek等。但我认为，对于R使用者来说，通过R做图还是最方便的。大致的流程如下图所示：

1)根据观察，实验或者相关性推断来确定物种间的联系。Co-occurrence网络的构建多是基于相关性推断来构建的。常用的相关性推断方法有Pearson，Spearman, Sparcc等方法。

2)通过构建的相关性矩阵或者相互作用列表来构建igraph对象。常用的方法有以下三种，分别由graph_from_incidence_matrix，graph_from_adjacency_matrix，graph_from_edgelist三个函数获得，详细信息参照igraph官方帮助文档。第一种数据格式是普通矩阵，矩阵中数字代表行列所代表的物种间存在联系，这种联系可通过实验或观察来得到。第二种数据格式是邻接矩阵，物种间相关性计算得到的通常为此种形式。第三种为边列表(edgelist),共两列数据，分别代表网络内的节点名称，每一行代表这两个节点间存在着联系。

3)计算网络的各种参数，用以推断网络的性质。

常用网络参数有：

平均路径长度(Average path length)：网络中任意两个节点之间的距离的平均值。其反映网络中各个节点间的分离程度。现实网络通常具有“小世界(Small-world)”特性。

聚集系数(Clustering coefficient)：分局域聚类系数和全局聚集系数，是反映网络中节点的紧密关系的参数，也称为传递性。整个网络的全局聚集系数C表征了整个网络的平均的“成簇性质”。

介数(Betweenness)：网络中不相邻的节点i和j之间的通讯主要依赖于连接节点i和j的最短路径。如果一个节点被许多最短路径经过，则表明该节点在网络中很重要。经过节点n的数量所占比例，介数反映了某节点在通过网络进行信息传输中的重要性。

连接性 (Connectance)：网络中物种之间实际发生的相互作用数之和(连接数之和)占总的潜在相互作用数(连接数)的比例，可以反映网络的复杂程度。

此外还包括：度分布(Degree distribution)、平均度(Average degree)、平均介数(Average betweenness)、平均最近邻度(Average nearest-neighbor degree)、直径(Diameter)、介数中心性(Betweenness centralization)和度中心性(Degree centralization)等参数。
各网络参数计算方法及意义参见igraph.org官方帮助文档。

群落数据co-occurrence实例

网络分析需要两个文件，OTU表和OTU的属性；具体格式见测试数据 (后台 回复 网络 获取)

1.最简单的网络图

# 设置工作目录：请修改下方目录或在Rstudio的Session菜单中选择下载测试数据所在的目录
# setwd("~/Downloads/chenliang")

# 安装需要的包，默认不安装，没安装过的请取消如下注释
# install.packages("igraph")
# install.packages("psych")

# 加载包
library(igraph)
library(psych)

# 读取otu-sample矩阵，行为sample，列为otu
otu = read.table("otu_table.txt",head=T,row.names=1)

# 计算OTU间两两相关系数矩阵
# 数据量小时可以用psych包corr.test求相关性矩阵，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数矫正
occor = corr.test(otu,use="pairwise",method="spearman",adjust="fdr",alpha=.05)
occor.r = occor$r # 取相关性矩阵R值
occor.p = occor$p # 取相关性矩阵p值

# 确定物种间存在相互作用关系的阈值，将相关性R矩阵内不符合的数据转换为0
occor.r[occor.p>0.05|abs(occor.r)<0.6] = 0

# 构建igraph对象
igraph = graph_from_adjacency_matrix(occor.r,mode="undirected",weighted=TRUE,diag=FALSE)
igraph
# NOTE:可以设置weighted=NULL,但是此时要注意此函数只能识别相互作用矩阵内正整数，所以应用前请确保矩阵正确。
# 可以按下面命令转换数据
# occor.r[occor.r!=0] = 1
# igraph = graph_from_adjacency_matrix(occor.r,