gephi生成网络关系图_生物信息工具 | 如何绘制“上流”的共发生网络图？

| 撰文：莫北

在之前《如何用Gephi绘制漂亮的网络图》一文中，已经为大家介绍过如何使用Gephi绘制下图这样的共发生网络图（Co-occurrence network），该文主要是介绍通过准备“边文件”和“点文件”来创建网络图。

但有时候绘图比较容易，难的是准备数据。

前文也提过，最常见的共发生网络分析过程是先计算相关系数矩阵，接着使用igraph生成gml格式的网络图文件，最后导入Gephi对网络图进行个性化绘制。

当然，如果你不愿使用R语言计算，也可以使用OmicShare Tools中的组内相关性分析工具计算得到相关系数矩阵，然后整理成“边文件”，使用Gephi或Cytoscape做个性化绘图。

工具网址： https://www.omicshare.com/tools/

但如果数据量较大，手工整理显然非常费时费力，有OmicShare用户在OmicShare Forum中留言：“数据的准备太难了！”

因此，下面我将从最初的OTU绝对丰度表开始，介绍如何使用R语言进行网络图数据的准备、网络图文件生成和网络图绘制。

本文的重点内容是数据的过滤、相关系数的计算和“graphml”格式网络图文件的生成。

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数据导入与过滤

为了便于大家练习使用，本文所用到的范例数据已上传到OmicShare论坛上，