python文件中用逗号分隔_用于大型制表符/逗号分隔文本文件的python库

我有一些大的基因组数据文件要分析,它有两种形式,一个单独的剂量文件,如下:

id snp1 snp2 snp3 snp4 snp5 snp6

RS1->1000001 DOSE 1.994 1.998 1.998 1.998 1.830 1.335

RS1->1000002 DOSE 1.291 1.998 1.998 1.998 1.830 1.335

RS1->100001 DOSE 1.992 1.998 1.998 1.998 1.830 1.335

RS1->100002 DOSE 1.394 1.998 1.998 1.998 1.830 1.335

RS1->10001 DOSE 1.994 1.998 1.998 1.998 1.830 1.335

RS1->1001001 DOSE 1.904 1.998 1.998 1.998 1.830 1.335

RS1->1002001 DOSE 1.094 1.998 1.998 1.998 1.830 1.335

RS1->1003001 DOSE 1.994 1.998 1.998 1.998 1.830 1.335

RS1->1004001 DOSE 1.994 1.998 1.998 1.998 1.830 1.335

RS1->1005002 DOSE 1.994 1.998 1.998 1.998 1.830 1.335

另一个包含一些摘要信息:

SNP Al1 Al2 Freq1 MAF Quality Rsq

22_16050607 G A 0.99699 0.00301 0.99699 0.00000

22_16050650 C T 0.99900 0.00100 0.99900 0.00000

22_16051065 G A 0.99900 0.00100 0.99900 0.00000

22_16051134 A G 0.99900 0.00100 0.99900 0.00000

rs62224609 T C 0.91483 0.08517 0.91483 -0.00000

rs62224610 G C 0.66733 0.33267 0.66733 0.00000

22_16051477 C A 0.99399 0.00601 0.99399 -0.00000

22_16051493 G A 0.99900 0.00100 0.99900 -0.00000

22_16051497 A G 0.64529 0.35471 0.64529 0.00000

第二个文件中的SNP列对应第一个文件中的snp1,snp2 ....我需要使用第二个文件中的摘要信息进行一些质量检查和选择,然后对第一个文件中的数据进行相应的统计分析。

问题是,是否有适合此任务的python库?性能在这里至关重要,因为这些文件非常庞大。谢谢!

  • 0
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值