erdas imagine 构建金字塔_利用SNP数据构建Phylogenetic tree

最新推荐文章于 2023-04-27 17:36:59 发布
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文章标签： erdas imagine 构建金字塔 simple a+b输入数据
本文介绍了如何利用SNP数据构建系统发育树，涉及Phylip和MEGA6软件的使用。通过VCF到PHYLIP格式的转换，运用seqboot、dnadist、neighbor、consense等子程序，生成树文件并使用FigTree进行可视化。同时，介绍了MEGA6的建树过程和Newick格式的树图保存。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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真的好久不更新了~

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=========================正文==========================

首先附上参考资料：教你如何基于SNP构建系统进化树-雪花部落

SNP数据构建系统进化树

这次的主题是：1、根据教程实践两款利用SNP数据 (.vcf 文件) 构建系统发育树的软件：A. Phylip；B. MEGA 6。2、介绍几款树图可视化及美化软件：FigTree；iTOL；ggtree (R package)。

待分析数据：example.vcf

1-A. 利用Phylip构建系统发育树

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