arm cortex-m3 gnu gcc 快速开发指南_SPECFEM2D用户手册—

参考资料

数值实现

Julia 1.4.2/MATLAB 2019a

备用系统

Ubuntu 64

地球物理局 地震波动力学实验室 谱元组 译

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关键词

#谱元法#

第2章入门指南

注意：对于希望在Windows而不是Unix计算机上运行软件包的人，您可以安装Docker或VirtualBox（在后一种情况下，在VirtualBox中安装Linux），然后在其中轻松运行。

要下载SPECFEM2D软件包，请输入以下命令：

git clone --recursive --branch devel

我们建议您将ulimit -S -s unlimited添加到.bash_profile文件中，和/或将limit stacksize unlimited添加到.cshrc文件中，以消除对Unix堆栈大小的任何潜在限制。

实现添加步骤之前，先安装vim。首先切换到根用户

输入密码，然后输入

确保网络通畅后，回车，确定。
对于Ubuntu可能需要新建一个.bash_profile。则输入：

进入到这个新文件中，输入

然后按ESC，再输入

回车，退出。输入

检查一下是否成功创建

然后，要为您的系统配置软件，请运行configure shell脚本。该脚本将尝试猜测适合您系统的配置值。但是，至少建议您为Fortran编译器明确指定适当的命令名称（另一个选项是在.bash_profile或.cshrc文件中定义FC，CC和MPIF90）：

./configure FC=gfortran CC=gcc

进入specfem2d文件夹

输入命令

./configure FC=gfortran CC=gcc

回车

如果要并行运行，即，使用多个处理器内核，则可以输入

./configure FC=gfortran CC=gcc MPIFC=mpif90 --with-mpi

如果愿意，您可以将上述GNU编译器（gfortran和gcc）替换为其他编译器。例如，对于Intel ifort和icc，请改用FC = ifort CC = icc。

在运行配置脚本之前，您可能应该编辑文件，以确保它包含适用于系统的最佳编译器选项。已知问题或要检查的事项是：

英特尔ifort编译器：查看是否需要为计算机添加-assume byterecl。对于该编译器，我们注意到初始发行版有时会存在错误或问题，这些错误或问题在运行代码时可能导致错误的结果，因此，我们强烈建议使用已安装至少一个Service Pack或更新的版本。特别是，对于该编译器的版本17，用户报告了-assume buffered_io选项的问题（使代码在运行时崩溃）。如果发现问题，请从文件中删除该选项，或将其更改为-assume nobuffered_io，然后重试。
IBM编译器：查看是否需要为计算机添加-qsave或-qnosave。
Mac OS：您可能需要安装XCODE。
IBM Blue Gene机器：请参考SPECFEM3D_Cartesian手册，其中包含有关如何在Blue Gene上运行的详细说明。

SPECFEM2D软件包依靠SCOTCH库对网格进行分区。 SCOTCH库[Pellegrini and Roman,1996]^[1]提供了有效的静态映射、图形和网格划分例程。SCOTCH是一个免费软件包，由法国波尔多的Inria和LaBRI的François Pellegrini et al.开发，可以从网页Scotch: Project HomeSPECFEM2D软件包依靠SCOTCH库对网格进行分区。 SCOTCH库[Pellegrini and Roman,1996]^[1]提供了有效的静态映射、图形和网格划分例程。SCOTCH是一个免费软件包，由法国波尔多的Inria和LaBRI的François Pellegrini et al.开发，可以从网页

上下载到。如果在系统上找不到SCOTCH库，则该配置将绑定源代码提供的版本以进行编译。可以使用--with-scotch-dir选项显式设置现有SCOTCH安装的路径。举个例子：

./configure FC=ifort MPIFC=mpif90 --with-mpi --with-scotch-dir=/opt/scotch

对于gfortran编译器，要改为 FC=gfortran。

如果您使用Intel ifort编译器来编译代码，我们建议您使用Intel icc C编译器来编译Scotch，即，使用：

./configure CC=icc FC=ifort MPIFC=mpif90

有关SCOTCH安装的更多详细信息，请转到子目录并阅读。您将来可能希望从

Static Mapping, Graph, Mesh and Hypergraph Partitioning, and Parallel and Sequential Sparse Matrix Ordering Package

下载SCOTCH的最新版本。由于SCOTCH是最新的并且性能更好，因此已不再支持METIS图分区程序。

编译SCOTCH源代码时，如果收到诸如"ld: cannot find -lz"之类的消息，则您的计算机上可能缺少Zlib压缩开发库，因此您需要安装它或要求系统管理员来这样做。在Linux机器上，该软件包通常称为"zlib1g-dev"或类似名称。（因此"sudo apt-get install zlib1g-dev"将安装它）。

您可以编辑Makefile进行更具体的修改。特别是，有几种可用的选项：

-DUSE_MPI 使用MPI库进行编译。
-DUSE_SCOTCH 启用图形分区器SCOTCH的使用。

完成这些步骤之后，返回到SPECFEM2D/的主目录并键入

创建将放置在文件夹./bin/中的所有可执行文件。

默认情况下，求解器以单精度运行。对于大多数应用程序来说，这很好，但是如果出于某种原因要以双精度运行求解器，请使用选项“ --enable-double-precision”运行配置脚本。请记住，这当然会使总内存大小增加一倍，并且还将使求解器在许多处理器上速度降低约20％到30％。

如果您的编译器对代码中使用的use mpi语句有问题，请使用根目录下名为的脚本，将所有脚本自动替换为包括include ''。

如果在Cray机器上配置代码时遇到问题，即，例如，如果从configure脚本中收到错误消息，请尝试导出以下两个变量：MPI_INC=$CRAY_MPICH2_DIR/include和FCLIBS=""，并在需要时提供更多详细信息，您可以参考utils/Cray_compiler_information目录。您还可以查看名为utils/Cray_compiler_information/的配置脚本。

可视化源代码的子例程调用树

诸如doxywizard之类的软件包可用于可视化源代码的子例程调用树。 Doxywizard是用于配置和运行doxygen的GUI前端。

成为代码开发人员，或对源代码进行少量修改

如果您想在代码中开发新功能，和/或想要进行小的更改、改进或错误修复，我们非常欢迎您做出贡献。为此，即，通过读/写访问来访问源代码的开发分支（以一种安全的方式，无需过多担心破坏程序包，有一个机器人称为BuildBot，负责检查和验证所有新贡献和更改），请访问此网页：

geodynamics/specfem2d

要可视化源代码的调用树，可以在目录doc/call_trees_of_the_source_code中看到可用的Doxygen工具。

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封面：^[2]

参考

^^a^bF. Pellegrini and J. Roman. SCOTCH: A software package for static mapping by dual recursive bipartitioning of process and architecture graphs. Lecture Notes in Computer Science, 1067:493–498, 1996.
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