生信分析矫正P值_好看的富集分析图GOplot

最新推荐文章于 2023-05-03 17:44:06 发布

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文章标签：生信分析矫正P值

这篇博客主要介绍如何在生信分析中进行P值矫正，以及利用GOplot生成美观的富集分析图。内容涵盖TCGA数据、基因预测、生存分析和circRNA等生信研究的关键步骤，旨在帮助生信初学者理解和应用这些工具。

摘要由CSDN通过智能技术生成

GO分析在科研中十分常见，简单的表格或者柱状图已经很难满足大家的需求，今天小编介绍一个专注于可视化的R包--GOplot。 安装及加载

###########安装
#install.packages('GOplot')
#install_github('wencke/wencke.github.io')

###########加载
library(GOplot)

数据准备：

data(EC)
head(EC$david)###DAVID富集分析结果
head(EC$genelist)###差异分析结果
###大家也可以根据上面的格式将自己的文件读入
circ head(circ)

其中，category代表GO term category ID代表GO term ID term代表GO term name count代表该GO term中的基因数量 genes代表GO term中相关的基因名 logFC代表相关基因差异表达分析中的logFC值 adj_pval代表GO term的矫正后p值