生信分析矫正P值_好看的富集分析图GOplot

GO分析在科研中十分常见,简单的表格或者柱状图已经很难满足大家的需求,今天小编介绍一个专注于可视化的R包--GOplot。 安装及加载
###########安装
#install.packages('GOplot')
#install_github('wencke/wencke.github.io')

###########加载
library(GOplot)
数据准备:
data(EC)
head(EC$david)###DAVID富集分析结果
head(EC$genelist)###差异分析结果
###大家也可以根据上面的格式将自己的文件读入
circ head(circ)

63747f07c16ba0007fd4ddb3471a9ec6.png

其中,category代表GO term category ID代表GO term ID  term代表GO term name count代表该GO term中的基因数量 genes代表GO term中相关的基因名 logFC代表相关基因差异表达分析中的logFC值 adj_pval代表GO term的矫正后p值

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Ubuntu是一种常用的操作系统,“生信”是指生物信息学领域的研究和应用。Ubuntu作为一种开源操作系统,在生物信息学领域中得到了广泛的应用和认可。 首先,Ubuntu操作系统具有开源的优势,可以免费获取并自由使用。这对于生物信息学领域的研究和分析来说非常重要,因为很多生物信息学工具和软件也是开源的,可以很方便地与Ubuntu操作系统兼容使用。 其次,Ubuntu操作系统拥有强大的计算资源管理能力。生物信息学分析通常需要处理大量的数据和复杂的算法,需要稳定的计算环境和高效的计算资源管理。Ubuntu操作系统能够提供稳定可靠的运行环境,并能够方便地进行计算资源的管理和配置,满足生物信息学分析的需求。 另外,Ubuntu操作系统可扩展性强,可以根据不同的生物信息学需求进行个性化配置和定制化开发。生物信息学分析工作经常需要使用各种特定的工具和软件,并且可能需要进行自定义开发,以满足特定的研究目标和需求。Ubuntu操作系统提供了丰富的开发资源和支持,方便用户进行个性化配置和开发。 最后,Ubuntu操作系统具有良好的用户社区支持。生物信息学领域的研究者和开发者通常会遇到各种技术问题和难题,需要得到及时的技术支持。Ubuntu操作系统拥有庞大的用户社区,提供了广泛的帮助和支持,用户可以通过在线论坛、邮件列表等途径获取各种技术问题的解答和建议。 综上所述,Ubuntu操作系统作为一种开源的操作系统,在生物信息学领域的研究和应用中具有很大的优势和潜力。使用Ubuntu进行生物信息学分析可以充分利用开源软件和工具,提供稳定可靠的计算环境,提高研究和分析的效率和准确性。

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