android shape 绘制气泡图,ggplot2：气泡图及散点图小结

气泡图也属于散点图的一种，在散点图的基础上改变点的形状，大小和颜色

1.如何改变点的形状

用自带的mtcars演示

p = ggplot(mtcars,aes(wt,mpg))

p + geom_point(shape=17,size=4)

p + geom_point(aes(shape = factor(cyl)),size=4)

2.改变点的大小：气泡图

加载包、数据的读入及数据格式

library(ggplot2)

pathway = read.table("R0-vs-R3.path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")

3.初始化数据

pp = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))

pp + geom_point()

气泡图(三维数据),size 可以是一个值，也可以是数据中的一列

pp + geom_point(aes(size=R0vsR3))

添加颜色变化——四维数据

scale_colour_gradient：自定义一个连续型的配色，常用于热图；

pbubble = pp + geom_point(aes(size=R0vsR3,color=-1*log10(Qvalue)))

pbubble

pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red")

expression函数改变样式，[]是用来添加下标，^是用来添加上标

pr = pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red") + labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")

pr

pr + theme_bw()

散点图小结

• 颜色: color/colour (可渐变)

• 形状：shape

• 大小：size (可渐变)

• 透明度：alpha (练习)

• 改变坐标轴的范围: xlim()和ylim()函数

• 改变标题，坐标轴标题和legend标题:labs()函数

• 保存图片：ggsave()函数

支持多种图片格式：png,pdf,svg等

ggsave("pathway_enrichment.png")

ggsave("pathway_enrichment_gray.png",pr)

ggsave("volcano4.pdf",volcano,width=4,height=4)

ggsave("volcano8.pdf",volcano,width=8,height=8)

绘制直线小结

• geom_abline(slope=xx,intercept=xx): 绘

制直线

• geom_hline(yintercept=xx):绘制水平线

• geom_vline(xintercept=xx):绘制垂直线

• size: 线条粗细

• color: 线条颜色

• linetype: 线条类型