linux分析rna-seq,RNA-seq数据分析（一）——Tophat篇

引言

RNA-Seq技术的产生大大推动了转录组学的研究范围和规模，然而面对RNA-seq惊人的数据量，刚入门的新手难免感觉有些无所适从。因此如何对RNA-seq数据进行分析，挖掘其中蕴含的宝贵信息，可以说是RNA-seq分析中的重中之重。

分析RNA-seq的软件众多，但没有哪个软件是万能的。研究人员可以根据自己的研究对象和目标，制定不同的分析策略。RNA-seq数据分析主要分为三部曲：比对——转录组重建——表达定量。

首先我们简要介绍一款经典的软件Tophat，对RNA-seq数据进行第一步的比对分析。

1软件下载

下载地址(http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml)，然后进行解压：

tar -zxvf tophat-2.1.1.Linux_x86_64.tar.gz

另外使用Tophat前，还需要安装Bowtie或Bowtie2，SAMtools, Boost C++ libraries等，而且需要在系统路径中。

1参考基因组

1、直接在tophat网站下载索引和注释信息。这种做法可以省去后面对参考基因组建立索引的步骤，而且包含了基因组的注释信息方便对表达进行定量，但缺点是文件比较大下载时间较长。

2、从UCSC上下载人类参考基因组序列(http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chr