navicat premium 链接postgresql 无法加载表_RDKit|在PostgreSQL中进行分子结构搜索与查询...

文章目录

一、环境搭建

二、数据表准备

三、结构搜索与查询

1. smiles子结构搜索
2. smarts子结构搜索
3. 立体信息的结构搜索
4. 带取代基的结构搜索

一、环境搭建

本文以windows为例进行操作和演示。假设都已经安装好了postgresql，下面依次进行用户切换、启动服务端、创建数据库、导入数据、连接数据库、加载插件、函数测试。在windows上安装带rdkit插件的postgresql以及基本操作可以参考这篇文章。 - 在cmd中切换到postgres用户

runas /user:postgres cmd

• 在postgres用户下，启动服务端，指定数据库位置

postgres -D d:postgresqldata

• 在新cmd终端中创建molecules数据库

createdb molecules

• 使用python创建info表格，加入id、smiles、LOGP等列，并导入1000条分子数据。代码可以参考这里