Python 计算两个连通子图距离_网络拓扑结构网络图的凝聚性特征和R计算

3ab762dd5885fca53ce1d0b5b2384085.gif 网络拓扑结构-网络图的凝聚性特征 944aaacaea4df4a53d3a8b115acec235.gif 前述网络基础概述 中提到,在数学中,“网络”(networks)通常被称为“图”(graphs),一个图G=(V,E)是一种包含“节点”集合V与“边”集合E的数学结构,其中E的元素是不同节点的无序组合{u,v},u,v∈V。同时,对网络的基础要点做了简介。 关于网络节点和边的特征,已在上篇作了简介, 本篇继续在网络整体或局部水平上描述网络图结构,以及关注用于描述网络图凝聚性的特征。

几种特殊的图类型

图有各种的“形状和尺寸”,以下简介几种特殊类型的图。

“完全图”(complete graph)是指每个节点与其它所有节点都有边连接的一类图。这一概念再实际中最有用的地方在于定义了一个“团”(或称“派系”,clique),即一个完全子图。

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“规则图”(regular graph)是每个节点的度都相同的一类图。度均为d的规则图称为“d-规则”(d-regular)。

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连通的无环图称为“树”(tree)。这种图的不相交的并集称为“森林”(forest)。树在网络分析中具有基础性的重要地位。比如,在许多算法的高效实现中,树是关键的数据结构。若一个有向图的基础图是树,则称其为“有向树”(directed tree)。这种树通常会有一个“根节点”(root)。这是唯一一个从其出发,总存在有向路径到达图中其它节点的特殊节点。这样的树称为一个“有根树”(rooted tree)。从根节点出发的路径中,某个节点之前的节点称为它的“祖先”(ancestor)节点,之后的节点称为它的“后代”(descendent)节点。直接相连的祖先节点称为“父节点”(parents),直接相连的后代节点称为“子节点”(children)。若一个节点不存在任何子节点,称为“叶节点”(leaf)。从根节点到最远的叶节点的距离称为树的“深度”(depth)。

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“k-星”(k-star)是一种树图的特殊情况,只包含一个根节点和k个叶节点。这种图对于抽象出一个节点及其直接相连邻居的关系(忽略邻居之间的连接)会很有用。

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 “二部图”(bipartite graph)是指图G=(V,E)中的节点集合V能够分为两个不相交的子集V1和V2,且E中每条边的一个端点属于V1而另一个属于V2。这类图通常被用于表示“成员”关系网络,例如用V1中的节点表示“成员”,用V2中的节点表示对应的“组织”。

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“有向无环图”(directed acyclic graph,DAG)是树的概念的一般化推广。正如其名称,DAG是有向且不存在有向环的一类图。但与有向树不同,其基础不一定是树,因为将有向边替换为无向边的过程可能会产生包含环的图。在DAG上通常可以利用其类似树的结构这一特征,设计出高效的算法。

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子图和团

网络分析中的许多问题与网络的凝聚性相关,即网络图中节点的子集与相应的边以何种程度聚合在一起。定义网络凝聚性特征的一种方法是规定某种感兴趣子图类型。

其中典型例子是团,上文提到,团是一类完全子图,集合内所有节点都由边相互连接,因而是完全凝聚的节点子集。所有尺寸的团的普查(census)可以提供一个“快照”,帮助了解图的结构。不过经常存在冗余问题,即大尺寸的团包含了小尺寸的团。“极大团”(maximal clique)是不被任何更大的团包含的一类图团。实际上,大尺寸的团很稀少,团的存在要求图G本身相当稠密,但现实世界的网络多是稀疏的。

团的概念存在各种弱化了条件的版本。例如,图G的k核(k-core)是一个图G的子图,其中所有节点的度至少为k,且不被包含于满足条件的其它子图中(即它是满足条件的最大的子图)。核的概念在可视化中非常流行,因为他提供了一种将网络分解到类似洋葱的不同“层”(layer)的方法。这种分解可以与辐射布局有效地结合起来。

在团及其变体之外,有一些其他类型子图可以用于定义网络凝聚性。二元组(dyad)和三元组(triad)是两个基本的量(Davis and Leinhardt, 1967; Holland and Leinhardt, 1970)。二元组关注两个节点,它们在有向图中有三种可能的状态:空(null,不存在边)、非对称(asymmetric,存在一条有向边)、双向(mutual,两条有

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