安装fastqc_在家学生信分析(二)：安装转录组相关软件

最新推荐文章于 2024-09-13 22:26:40 发布

weixin_39680609

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文章标签：安装fastqc

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_39680609/article/details/112733592

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下载最新版SRAtoolkit：

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.3/sratoolkit.2.10.3-ubuntu64.tar.gz
#解压缩
tar -xzvf sratoolkit.2.10.3-ubuntu64.tar.gz

#进入环境变量修改PATH
sudo vi /etc/profile
# export PATH=$PATH:/home/user/sratoolkit.2.10.3-ubuntu64/bin
#移除安装包
rm sratoolkit.2.10.3-ubuntu64.tar.gz

下载安装FastQC

wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip
unzip fastqc_v0.11.9.zip
cd FastQC
sudo chmod 777 fastqc
#进入环境变量修改PATH
sudo vi /etc/profile
# export PATH=$PATH:/home/user/FastQC
source /etc/profile

# -o结果输出目录 -t 线程设置 -q --quiet 安静运行模式，一般不选这个选项的时候，程序会实时报告运行的状况
fastqc -o /mnt/d/transcript/ /mnt/e/transcript/PRJNA355201/SRR5066026.1_1.fastq
#报告含有html 和zip格式文件两个

下载并安装最新hisat2

在下面地址下载最新版https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/

wget https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/hisat2-220-Linux_x86_64/download
unzip download
rm download
#修改PATH
sudo vi /etc/profile
export PATH=$PATH:/home/user/hisat2-2.2.0

下载并安装trimmomatic

在此网站http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic下载Trimmomatic的binary解压后得到trimmomatic-0.38.jar
各种操作都是用java调用这个jar包
运行需要Java运行环境,如果没有需要自行安装(命令仅供参考):

sudo apt-get install default-jre
java -v

#单端测序分析 24线程
java -jar trimmomatic-0.35.jar SE -threads 24 -phred33 input.fq.gz output.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-SE:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

#双端测序分析 24线程
java -jar trimmomatic-0.35.jar PE -threads 24 -phred33 input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz output_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

SAMtools 编译安装(当然还有其他方式)

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2
tar -jxvf samtools-1.10.tar.bz2
cd samtools-1.10
./configure
#这一步提示出错，需要添加编译环境和依赖
sudo apt install build-essential
sudo apt-get install libncurses5-dev
sudo apt-get install zlib1g-dev
sudo apt-get install  libbz2-dev
sudo apt-get install   liblzma-dev

#不同的人提示不一样，直接用sudo apt-get install   安装提示缺少的库即可
#再次运行./configure
./configure
make
sudo make install

rm  samtools-1.10.tar.bz2

bcftools编译安装(和samtools一样，但是不需要重新下载依赖)

https:/sudo make install

安装stringtie

#github源代码编译安装     make release