python爬取genek视频_使用Python爬取Genecards网站中基因信息

本文介绍了如何使用Python爬取Genecards网站上的基因信息,通过分析网址结构,采用requests库下载网页内容,然后利用lxml库解析XPath找到所需数据,最终将数据存储到Excel文件中,为1500个基因提供基本信息。
摘要由CSDN通过智能技术生成

爬虫5个步骤

1、需求分析

有1500个基因名(human genome),想要知道这些基因的基本功能。

2、寻找网址

genecards网站,有关于基因信息的详细描述,包括基因别名,基因简介(包括NCBI, UniProt等网站关于该基因的介绍),基因在基因组上信息等,可以使用此网站的基因简介模块内容,得到我们需要的基因的基本功能。

网站首页有2种搜索方式。以ACE2基因为例

方法1:在Keywords搜索栏中输入基因名称;

方法2:在Explore a Gene处有一个搜索框,可以输入基因名称;

搜索完,直接跳转到详情页

综合分析后,发现方法2得到的网址结构组成更简单,选择这种网址结构,进行后续分析。

3. 下载网址的返回内容(requests)

# 以单个基因ACE2为例

import requests

url = 'https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=ACE2'

headers = {

'User-Agent': 'Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64; rv:80.0) Gecko/20100101 Firefox/80.0',

}

def get_search_response(url):

response = requests.get(url, headers=headers)

with open('ACE2.

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