clustalw序列比对_生信学习笔记——Python+Mafft实现批量化多序列比对

最新推荐文章于 2024-08-17 21:30:16 发布

weixin_39684228

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文章标签： clustalw序列比对

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_39684228/article/details/111627294

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本文介绍了如何使用Python结合Mafft的单行命令进行批量化多序列比对。作者在遇到Mafft不支持批量处理fasta文件的问题后，通过研究Mafft的bat文件和单行命令，最终利用Python编写脚本来实现自动化操作，解决了实验中的批量比对需求。

摘要由CSDN通过智能技术生成

Mafft介绍

一提到多重序列比对，很多人禁不住就想到ClustalW（Clustalx为ClustalW的GUI版），其实有一款多重序列比对软件－MAFFT，不论从比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），还是比对准确性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）来说，其相比于ClustalW（或ClustalX）有过之而无不及，所以这里强烈推荐使用MAFFT这款多重比对软件。
PS: 不同比对软件的比较，有兴趣的童鞋可以下载这篇文章看看：
Wong K M, Suchard M A, Huelsenbeck J P. Alignment uncertainty and genomic analysis. Science, 2008, 319: 473-6.
以上序言内容摘自： http:// blog.sciencenet.cn/u/ra indyok

背景：生物学相关专业，2个月前wet转dry，学习Python大概2个月不到的时间。

问题：因为实验需要，要对数百个fasta文件分别进行多序列比对（每个fasta文件里都是数条待比对的序