R plot图片背景设置为透明_R语言数据可视化基因名称转换及KEGG/GO富集分析-CSDN博客

本文介绍了如何在R中将plot图片背景设置为透明，以及利用R进行基因名称转换、GO注释和KEGG富集分析。通过bioconductor安装相关包，进行数据加载和基因名转换，接着详细展示了GO的三个分类和KEGG注释的代码及结果。

摘要由CSDN通过智能技术生成

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简介

BiocManager是生物信息分析必不可少的R包之一，主要用来分析基因相关的各种问题，但是通常再R上安装这个程序包都挺麻烦的，搜索引擎上有非常多的关于如何安装的，因此这里只给个建议，R和RStudio都升级到最新包，目前R为4.0版本，具体的安装操作在下方官网中也有。

http://bioconductor.org/

1.1、程序包安装

采用RStudio进行分析

安装过程中会同步安装几十上百个需要用到的其他的包，安装时间较长，并且经常报错！！！

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install()BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))BiocManager::install(c("DOSE","topGO","clusterProfiler","DBI"))BiocManager::install(c("org.Hs.eg.db","pathview"))

1.2、调用程序

library(DOSE)library(org.Hs.eg.db)library(topGO)#画GO图library(clusterProfiler)#富集分析library(pathview)#看KEGG pathwaylibrary(xlsx)library(ggplot2)

1.3、加载数据

数据格式，一列Uniprot号或者基因名或者酶的名称都可以：

# 导入数据datadata$Uniprot

1.4、将基因名称进行互相转换

# 转换基因名keytypes(org.Hs.eg.db)#查看org.Hs.eg.db中含有的一些格式，共有26种ID = bitr(data$Uniprot,  fromType="UNIPROT",#现有数据的格式  toType=c("ENSEMBL", "ENTREZID","SYMBOL","UNIGENE","GENENAME","ENZYME"),#转化的目标格式  OrgDb="org.Hs.eg.db")#利用org.Hs.eg.db库进行转化write.csv(ID,file="基因转化结果.csv")head(ID,10)#展示转化后的前10行结果