gsea富集分析结果怎么看_使用GSEA软件进行基因集富集分析

本文希望帮助大家快速使用GSEA软件进行基因集富集分析，如果希望了解GSEA分析原理话，可以看之前的文章使用clusterProfiler包进行富集分析。GSEA软件的使用可以分为以下四个步骤：

1. 数据的准备

• 表达矩阵
• 表型文件

导入数据

运行GSEA

查看结果

下面以GEO芯片数据集(GSE7476)为例，一步步演示GSEA软件的使用。该数据集来自GPL570芯片平台，共有12个样本，包括9个肿瘤膀胱组织和3个正常膀胱组织。GSEA软件版本为4.0.1。

数据准备

表达矩阵

下载GSE7476数据集，如果网络差，可能导致数据下载不全，需要删除已下载的数据，重新下载。

setwd('./task-12')
rm(list = ls())

library(GEOquery)
gset 'GSE7476',destdir = '.', getGPL = T, AnnotGPL = T)
gset1 1]]          
expr # 表达矩阵
pdata # 样本信息
fdata # 探针注释信息

筛选探针：

library(tidyverse)
fdata1 % 
  select(ID, `Gene symbol`) %>% 
  rename(symbol = `Gene symbol`) %>% 
  filter(!(symbol == '' | str_detect(symbol, '///')))

ID转换：

expr1 % 
  as.data.frame() %>% 
  rownames_to_column('ID') %>% 
  inner_join(fdata1, by = 'ID') %>% 
  relocate(symbol, .after = 'ID')<