hdf5安装_GSI3.7安装前传——安装NETCDF

我的工作环境是Sugon的RedHat服务器，其默认安装了Netcdf4.1.3。而GSI (Gridpoint Statistic Interpolation)-3.7需要Netcdf v4.2+。因此，这里分享一个我觉得最方便的安装Netcdf v4.2+的方法。（下载链接见文末）

其实为了安装Netcdf v4.2，我花了很多很多时间，但都失败了。主要原因就是每一个步骤都需要花一定的时间，时间一长，上一个安装套路自己设置了什么，很快就忘了，导致效率特别低下。而就算记下每一步的步骤，也依然很慢，效率低。

后来想到了一些辅助的办法（其实早就应该想到了），比如Docker。利用Docker，我都不需要为了安装GSI3.7而安装Netcdf v4.2+。GSI官网直接提供了Docker版的GSI以及安装方法。但是无奈，我只是一个普通用户，没有root权限，暂时无法享受到Docker带来的极大的便利。

同时，我又想到了我同所大牛董理老师开发的STARMAN包管理器。但是，无奈我是csh环境，而STARMAN好像不支持（待确认）。

就在即将崩溃之际，我在气象家园（大本营）看到了一个介绍哈佛大学GEOS-CHEM团队开发的安装zlib-hdf5-netcdf的脚本，我顿时就站起来了。

cd ~/software/harvard3
unzip geos-chem-libraries-master.zip
mkdir test1
cd geos-chem-libraries-master
make PREFIX=~/software/harvard3/test1

就这么简单一行代码，我美滋滋得等结果。然鹅，失败了。。

因为是很多年前开发的一键安装包，里面用到的zlib-1.2.6、hdf5-1.8.9、netcdf-4.3.2和netcdf-fortran-4.2相对版本较低。

所以，我打算把版本较新一些的zlib等替换进去。整个geos-chem-libraries-master文件结构相对简单，主目录下的src内就是上述安装包。我把zlib-1.2.8、hdf5-1.8.16、netcdf-4.4.1（后面试过netcdf-c-4.6.1，但是安装失败了）和netcdf-fortran-4.4.4替换进来。这时候要修改的不是主目录下install.sh，而是主目录/src/GNUmakefile。

进入GNUmakefile，进入如下修改

特别注意，SHELL不要改成csh（即使你是csh或其他的话）。

还没完，还需要enable-shared（不然lib里没有libnetcdf.so等），即

按这么修改之后，即可完成zlib-hdf5-netcdf一键安装。

气象家园介绍哈佛大学开发的一键安装包网址：http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=15197&extra=&page=1

哈佛大学一键安装包下载地址：https://github.com/geoschem/geos-chem-libraries